環保署為改善高屏溪水質，於89年辦理「飲用水水源、水質保護綱要計畫」水源保護區養豬戶拆除意願調查說明會，並於90年辦理養豬戶拆遷工作， 90年12月底止99%之養豬戶已拆遷，削減豬隻頭數達56萬頭，削減率達98.4%，4年來環保單位查核工作未放鬆，水源保護區內拆除戶尚無發現復養情形，有效保障大高雄地區民眾飲用水水源水質之潔淨。
環保署表示，為有效保障水源水質之潔淨，南區環境督察大隊針對高屏溪流域之污染源擬訂稽查管制計畫，鎖定流域內高污染源的事業單位加強稽查取締，以消弭工業廢水污染高屏溪流域水質。統計94年度共稽查489廠次，違規告發120件，其中1家皮革廠曾遭按日連續處分56天，相關污染源在重罰下均能記取教訓，並正常操作其廢水處理設備；另針對高屏溪流域水質監測部分，在大樹攔河堰測站氨氮測值，已由89年的0.6毫克/公升降至94年的0.2毫克/公升左右並穩定維持，符合飲用水水源水質標準，保障大高雄地區民眾飲用水水源品質。
環保署強調高屏溪流域水源區養豬戶拆除工作雖已圓滿完成，為延續該地區污染源管制及防止已拆除養豬戶重新畜養等不法行為發生，將於95年度持續執行「高屏溪流域污染源稽查管制計畫」，以確實完全掌握該區域的污染事業，環保署籲請相關業者莫心存僥倖，切實做好污染防治以免違規受罰。