有關媒體報導〝嘉南砷井水，有監測沒法管〞內容，環保署表示，該署94年曾針對區域性地下水（最易受到地面污染物影響之含水層-淺層含水層）的監測結果，發現全台1500多筆地下水水質監測資料中，砷含量皆符合非屬飲用水水源水質保護地區之地下水污染監測基準，而最大檢測值發生在嘉南平原為0.191mg/l，仍小於該地下水污染監測基準（0.25mg/l）。
目前台灣地區含砷地下水的原因，係現有資料，所知相當有限，而依據學者研究，當地層形成時，鐵錳離子形成氧化物沉積，同時也吸附了水中的砷，而當溶氧耗盡，地層轉為還原性，此時鐵錳氧化物被還原，砷也就同時被釋出水中；當水井的深度很深時（大於100公尺），地下水中可能含有還原性的砷。
環保署表示，依土壤及地下水污染防治法施行細則第六條規定，主管機關進行檢測、查證工作時，如發現土壤、地下水非因外來污染，而其物質濃度達土壤、地下水污染管制標準所列污染物項目之管制值者，應將相關檢測結果通知主管機關，請其依權責處理。
經濟部水利署所辦理之地下水觀測網為深層地下水位之監測，其深度一般為上百公尺，環保署表示已與水利署取得聯繫，將了解去年水質監測之情形，如果該地區確係因地質因素導致地下水中砷之濃度較高，將請相關機關依權責處理。