因應水污費104年5月1日開徵後，於執行徵收案件之申報、審查及查核等作業所遭遇的問題，並強化抽取海水作為排煙脫硫空氣污染防制設施用途之燃煤電力設施水污費計費方式，環保署於105年6月23日修正發布「水污染防治費收費辦法」，明確相關規範，完備水污費徵收制度。
環保署表示，本次修正針對燃煤電力設施海水排煙脫硫廢水之水污費，新增硫氧化物為徵收項目，並明定其費額計算方式、費率及應提報審查文件等相關規定。針對採海洋放流管線排放廢水至海洋者，因所適用之海洋放流管線放流水標準與各業別陸放標準不同，故另訂其水污費優惠費額計算方式，以資區別。
此外，事業及污水下水道系統申報之水質濃度，如低於主管機關查核檢測值達20%（化學需氧量、懸浮固體、銅及總鉻）或40%（鉛、鎳、總汞、鎘、砷、氰化物）以上時，應以主管機關查核檢測值或放流水標準最大限值90%計算；如於申報繳費當期同一徵收項目之主管機關查核檢測值有2筆以上數據時，取其算術平均值與申報值進行比對及計算。
本次修正也增訂數項簡政便民的規定，包括申報時無需再將繳費單之掃描檔或照片檔上傳至系統，溢繳金額達新臺幣2,000元以上者，得申請退費。基於核實原則考量下，業者得依足資佐證實際狀況之資料申報計算排放水量及運作日數，惟應在接獲通知後將相關資料提報主管機關審查。針對未依規定申報或以不正當方法逃漏水污費者，增訂了中央主管機關得逕為核定、計算及追溯其應繳費額之規定，以強化追補繳措施。
環保署表示，本辦法除燃煤電力設施海水排煙脫硫水污費計算之相關條文自105年7月1日施行、海洋放流管線水污費之優惠費額計算規定自106年1月1日施行外，其餘皆自發布日實施，業者於申報今(105)年第1期（1月至6月）水污費時即可適用之。
環保署呼籲，105年第1期水污費將自7月1日起至8月1日止申報繳納（法定截止日7月31日因遇假日，故順延1日），該署提醒徵收對象儘早上網申報及完成繳費，以免逾期受罰。有關水污費徵收之相關法令規定、收費方式及最新訊息，可至「水污染防治費網路申報暨查詢系統」（網址：http://wpcf.epa.gov.tw/）查詢。如有任何問題或建議，可撥打水污費徵收諮詢專線(02-27075158)，將有專人提供諮詢服務。
本辦法修正條文請至該署網站「環保法規網頁」查詢，網址(http://ivy5.epa.gov.tw/epalaw/index.aspx