背景說明
為解決南部地區長期因養豬廢水污染飲用水水源之問題，行政院於八十七年十二月核定環境保護署、農業委員會、經濟部及內政部共同推動「飲用水水源水質保護綱要計畫--高屏溪、淡水河、頭前溪、大甲溪及曾文溪部分」，將水源保護區內（含飲用水水源水質保護區及自來水水源水質水量保護區）養豬戶依法拆除補償禁養列為重要工作。
提出申辦五、七一五戶中，至九十年六月底止，鄉（鎮、市、區）公所現勘丈量完成一○○％，縣（市）審核完成八六．二％，公所拆除複勘完成一五．六％，縣市已向本署請款約二三．三億，本署已撥付約一○．九億，縣（市）已發放約七．二五億元。惟仍有部份養豬戶持續提出再提高補償金之訴求，或仍心存觀望，未儘速拆除領取補償金。
養豬團體主要訴求及回應
（一） 比照翡翠水庫養豬拆除補償標準。因時空背景不同，且將增列百餘億元預算，無法同意。
１． 七十六年執行完成之翡翠水庫養豬拆遷補償對象為，經農政單位輔導設置之全場合法養豬戶（場）。但本計畫執行對象，不到百分之十有牧場登記證，且其中大多養豬戶（場）有於水源水質水量保護區公告後再擴（增）建之行為，即非全場合法。
２． 翡翠水庫養豬拆遷補償標準計算方式，主要依畜舍材質區分三級標準，每頭豬隻補償約一一、○○○元至八、○○○元，平均每頭補償約九、○○○元。本計畫如有牧場登記證及合法建物者（一．五倍計算），平均每頭補償約九、○○○元。
３． 八十八年十一月九日協商會，養豬團體提出比照翡翠水庫養豬拆除補償標準並加上物價指數，平均每頭補償約一四、○○○元，總經費約一七○億元。
４． 爰此，要以全體納稅人的錢來補貼百分之九十未依法取得證照之養豬戶（場），實有失公平正義之處。
（二） 要求可領自動拆除獎勵金之期限展延至九十年十二月底。原則上同意延長至八月三十一日，如有特殊情形且不可歸責於養豬戶，予以個案考量。
１． 為加速地方政府作業，使養豬戶早日領得補償費或救濟金，可領自動拆除獎勵金之時間前曾通案延至七月三十一日，因豪雨及奇比颱風等天災之影響，中央推動小組同意養豬戶可向公所申請展延一個月。為簡化公文流程，本署將直接函請地方政府通案同意延長一個月至八月三十一日止。
２． 如有特殊原因且不可歸責於養豬戶，可個案向縣（市）政府提出展延，不受八月三十一日之限制。
（三） 要求開放再申辦。逾期未申辦者，本計畫不再受理。
１． 縣（市）政府表示部分養豬戶（場）以不滿意補償基準、或以農政單位登記無案者稱不知本案補償計畫、或以宣導申辦期間不在國內…等諸多理由，致未於規定期限內提出申辦。
２． 八十九年八月計畫公告後，本署及地方政府辦理五十一場訓練說明及養豬戶(場)說明會。本署除督導地方政府逐戶通知養豬戶、發布新聞、進行宣導及由村里長廣播，以廣周知外，並將所有相關規定上傳於環保署全球資訊網，供各界查詢，又印製五○○○份申辦說明手冊、一萬份宣導摺頁、一○○○份海報及一○○○份填寫範例及製作各階段工作之國台客三語電視媒體插撥卡等檢送至縣（市）政府，以供地方政府廣為宣傳。對於不滿民眾陳情、請願等，本署及地方政府仍不斷勸說無論何種情形，請先行申辦，以免影響權益。爰此，本計畫將不再受理逾期未申辦者。
（四） 要求執行剩餘經費仍用於補償。總經費六四．五億元有餘裕時，本署同意陳報行政院研議用於其他項目之補償。
部分養豬團體於九十年七月提出考量廢水處理設施補償費，納入「自動拆除獎勵金」之計算基礎、再增加轉業津貼及要求將飼料工廠納入補償項目以加大合法與非法者之區隔乙事，本署原則同意依計畫時程執行，於階段性工作完成、經費概算後，如有餘裕再行研議試算，陳報行政院審議。故現階段，養豬戶（場）不宜心存觀望，仍應儘速依現行規定辦理拆除。
（五） 請協助有土地建物查封、辦理繼承等特殊情形者，順利辦理補償事宜。本署同意依個案予以協助處理。
１． 因本計畫規定，查封效力及於養豬戶(場)建築改良物，查封效力需予撤銷或執行法院同意處分，方可按補償程序辦理後續事宜，部分養豬戶(場)因短期內無法辦理完成，故擔心影響領得補償費或救濟金之時間。
２． 本署於九十年六月二十一日工作檢討會中曾討論本案，惟因個案皆有不同之情形無法訂定通案規定，故決議請縣（市）政府就無法解決之個案個別提出，本署再逐案協助辦理。
未來辦理重點
（一） 為加速地方政府執行進度，本署安排中央水源保護區養豬戶（場）依法拆除補償推動小組，自七月十一日起至基隆市等十個縣(市)政府辦理巡迴查證，除督導地方政府執行進度，協助解決疑義外，更聽取輿情反應。
（二） 水源保護區養豬戶依法拆除補償作業，鄉（鎮、市、區）公所已全部完成現勘丈量，縣（市）審核則完成八六．二％，剩餘未審核大多為土地建物查封或辦理繼承等，但養豬戶完成拆除及公所完成複勘之達成率僅一五．六％，顯見有眾多養豬戶有誤信謠言，期待有更高補償基準或拆除期限可能會延長之觀望心態，此種誤信謠言心態，造成養豬戶（場）未能於期限屆滿前完成拆除之動作，屆時將影響原應可領取補償費或救濟金之權益。本署將配合縣(市)政府依縣(市)別指派專人督導，以加速執行進度及補償費或救濟金核撥速度。
（三） 依行政院指示，對於未依期限拆除者，聯合稽查取締小組將依自來水法、水污染防治法、飲用水管理條例、畜牧法及建築法等有關法令，強力稽查取締各項違法行為。本署已有補助地方政府辦理稽查管制計畫，近期將要求地方政府加強稽查頻率，及對尚未拆除者進行協談，以加速拆除速度。