環保署96年度迄今，針對垃圾掩埋場已完成14場總體檢，25場監測井地下水質採樣檢測工作。本次總體檢結果主要缺失仍以進場管制、管理資料保存及紀錄、覆土、環保及勞安專責人員、勞工健康檢查及安全訓練等未落實執行。本年度亦增加滲出水或地下水中戴奧辛檢測項目，檢測後濃度屬微量介於0.01至1.43pg-TEQ/L之間。
環保署表示，公有掩埋場營運管理總體檢工作，藉由專家學者及環保團體實地勘查，輔導管理機關進行改善並提供相關技術之諮詢外，同時亦由該署三區環境督察大隊針對違法行為進行稽查取締，96年度共計稽查142場次，告發18場次，其中以苗栗縣及雲林縣被告發的場次最多，告發的原因主要是以掩埋場未依規定覆土而違反「廢棄物清理法」。該署仍持續進行公有掩埋場營運管理總體檢及稽查，希望掩埋場管理機關確實依相關規定做好營運管理工作。
本年度為強化各地垃圾衛生掩埋場滲漏監測，環保署已於彰化縣和美鎮灰渣衛生掩埋場完成舖設阻絕滲漏監測系統。該系統可定期監測掩埋場不透水布之完整性，在不透水布發生破洞後能最短期間內，即行監測確定，並進行必要之修補及環境監測等緊急措施，降低對地下水及土壤污染之機率，確保掩埋場土壤及地下水能有效永續利用。