逐步邁向「非核家園」是全國共同的努力方向，但對於廢核與非核的期程與作法，各界仍有不同的想法與差距。除了大家多方討論的核能安全、未來能源供需結構、能源電價波動、產業經濟轉型或國際競爭力等多元課題之外，環保署表示在眾多風險評估選項內，可以參考國外經驗與作法，將氣候變遷可能帶來的嚴峻威脅也納入考量，共同思索及面對未來減碳缺口的挑戰。
環保署以我國未來在不同能源結構情境下，例如核四是否商轉、現有三座核電廠是否延役、替代選項若以燃煤、燃氣或再生能源的不同配比選項等，探討我國電力業可能的減碳缺口估算與消除方式（替代方案）的可能結果所示（詳如附錄），天然氣雖是低碳低價的首選但並非完全無碳，其他無碳再生能源在臺灣是否可以取得所需要的裝置容量、成本何時下降到民眾可以大量接受程度、如何搭配儲電建設及電網調度技術開發應用，都將是國家減碳缺口消除的關鍵所在。
核四公投牽涉的科學與事實背景資訊極為繁雜，單靠政策辯論是無法真正澄清事實。公共政策的第一階段決策機制，是設計有利社會共識形成的政策「風險（利益）評估」與相關科學與事實背景資訊正確性發掘的公眾參與過程；這種共識結論的形成，僅涉及政策相關背景科學與事實的正確性、有效性及不確定性的決定，未涉及該公共政策本身要不要或如何執行的決定，也就是將公共政策分兩階段決定的機制設計。讓公民在投票前能夠獲得關於該政策風險與利益大小與分布有關、且具有社會公信力的客觀正確資訊，再以其價值與風險利益權衡作出個人投票的決定，使公共政策的形成是以科學為基礎作成的決策。
環保署表示，日本福島事件後，德國政府邀集多方立場各異的各界意見領袖，成立獨立專責委員會來聚焦討論廢核與能源政策走向，並將包括氣候變遷在內的各項風險納入考量；英國政府透過與民眾互動，最終決定仍將核能與天然氣及再生能源列為減碳的重要選項，英國支持核能民眾比率不降反升。這些案例也許其最後政策決定走向並不相同，但都值得我國現階段政府部門與民間單位共同思索的部分，即是建構一個資訊正確性且具公信力的理性專業與溝通對話平台。
秉持審議式民主的精神，以「公眾參與，專家代理」方式來發掘核四受質疑的所有問題後做細緻專業分類，由各個受質疑問題的爭議各方或權益相關各方，推薦其信任的專家組成各個受質疑問題的「專家會議」；聽取權益相關各界意見後，經由公開討論及調查或查證，分別找出各個受質疑問題的專業共識答案，提供公投需要的核四相關正確科學與事實背景資訊，有其必要性。而環保署在環境影響評估案及其他眾多爭議性議題，已經實踐上述「公眾參與，專家代理」的專家會議機制，並證明其效用且受到爭議各方的肯定，相關作業流程與會議的設計，已有例可援提供參採。