為使民間參與環境污染防治設施公共建設強制接管營運之事務明確，主辦機關、民間機構與接管人相互間之權利義務明晰，環保署依「促進民間參與公共建設法」第53條第2項之授權，就強制接管營運之相關事宜，訂定發布「民間參與環境污染防治設施公共建設接管營運辦法」。
環保署經參考其他中央目的事業主管機關已訂定之接管營運辦法相關規定，並審酌當前環境污染防治設施特性及可能遭遇之情境後，將強制接管營運之方式依性質不同，採取適當之接管方式，區分「中止或停止營運後之接管」與「終止投資契約後之接管」兩種不同之接管方式。
「中止或停止營運後之接管」方式係主辦機關或中央目的事業主管機關依法僅中止或停止民間機構營運權之一部或全部，並未終止其投資契約，營運資產亦未轉移予主辦機關，屬於暫時性強制接管，其目的是為了改善接管事由，在接管事由消滅後，終止強制接管營運，回復予民間機構繼續營運，接管人執行接管營運所產生之費用由民間機構負擔之接管方式。
「終止投資契約後之接管」方式係主辦機關與民間機構已終止投資契約，民間機構已完全喪失營運權，因維持營運不中斷之需要而進行強制接管營運，其營運資產應依投資契約之約定移轉予主辦機關，故營運收入及支出均不應再歸民間機構所有之接管方式。
環保署表示，未來民間機構參與環境污染防治設施公共建設之興建、營運如有施工進度嚴重落後、工程品質重大違失、經營不善或其他重大情事發生，將依法採取適當措施，繼續維持該公共建設之營運。