為達成河川水質改善、空氣品質清淨及畜牧業循環經濟之多重目標，環保署推動畜牧糞尿沼液沼渣作為農地肥分使用，自105年起至107年12月31日止，全國已有490場畜牧場取得沼液沼渣作為農地肥分使用同意，每年施灌量161萬公噸，資源化利用比率5.58%，已達成107年度累計完成350場取得肥分使用同意、每年施灌量150萬公噸及資源化利用比率5%之年度目標。
此外，畜牧糞尿資源化利用尚有農業事業廢棄物個案再利用74場及符合放流水標準回收澆灌植物49場等。綜合以上3種畜牧糞尿資源化利用方式，全國已有613家畜牧場採取畜牧糞尿資源化利用，施灌農地面積達1,933公頃，施灌水量每年達338萬公噸，削減有機污染量每年2萬803公噸，相當於380座每日處理量為1萬公噸礫間氧化處理設施之污染削減量，節省設施建造經費約380億元，其中每年施灌的氮量632公噸，相當於台肥黑旺特5號肥料9萬7,437包。在推動畜牧糞尿資源化利用後，畜牧業可節省第三段廢水處理設施曝氣電費1.5億元、水污染防治費1,895萬元，農民可節省肥料錢2,862萬元，河川水質恢復乾淨，空氣中沒有臭味，創造多贏效益。
為加速推動畜牧糞尿資源化利用，環保署107年創新辦理示範鄉項目，即選擇畜牧業較集中之屏東縣萬巒鄉及雲林縣麥寮鄉作為畜牧糞尿資源化利用示範鄉，透過親訪鄉內畜牧業、產銷合作社或相關單位機關共85場次，並針對鄉內關鍵人士舉行會談共8場次，促使業者提早重視及配合政策推動，加速提高示範鄉畜牧糞尿資源化比率。截至107年12月底推動結果，屏東縣萬巒鄉除原有肥分使用農地同意及放流水澆灌植物畜牧場數共9家外，再增加11家輔導肥分使用農地計畫或放流水澆灌植物申請中；雲林縣麥寮鄉增加10家已通過資源化場家數，目前共有12家畜牧場通過，已見初步成效，環保署108年將擴大推動示範鄉數量為5處，期能進一步深化畜牧業糞尿資源化利用觀念。
為協助地方政府建立施灌營運體系、增加施灌靈活度，環保署補助地方政府購置畜牧糞尿集運車輛、施灌車輛或機具、農地貯存槽計畫，目前已核定補助高雄市、臺中市、雲林縣、屏東縣及花蓮縣等，共計可購置23輛集運施灌車輛及67個農地貯存桶。此外，107年度完成提升網路農牧媒合平台功能，提供各地方政府沼液沼渣農地使用推動資訊，且畜牧業者與農民可主動進入 e化平台登錄沼液沼渣產量與施灌農地資料，由地方政府協助接洽，以加速媒合施灌農地（網址http://epafarm.dsmynas.net/farm/index.php）。
鑑於小型畜牧場欠缺廢水處理技術及人力，為擴大畜牧糞尿資源化利用，環保署訂定補助地方政府設置資源化設備處理其他畜牧場畜牧糞尿計畫，協助畜牧糞尿大場帶小場或集中處理並資源利用，目前已補助地方政府推動畜牧糞尿資源化大場帶小場或集中處理計6案，共集運處理21場畜牧場、4萬5,232頭畜牧糞尿及資源利用率達75%。其中花蓮縣與桃園市之執行進度已達40%，屏東縣2案執行進度已達20%，雲林縣2案正辦理簽約程序中。
因畜牧糞尿中含有高量的有機質及氮磷，為作物的肥分基礎，畜牧糞尿厭氧發酵後沼渣沼液為農地肥分，是將資源再利用，畜牧糞尿排放到河川即為錯置的資源。為推動畜牧糞尿資源化利用，環保署104年11月24日修正「水污染防治措施及檢測申報管理辦法」，增訂沼液沼渣農地肥分使用專章10條，讓畜牧糞尿還肥於田有法令的遵行依據；105年10月28日進一步修法擴大沼液沼渣農地肥分使用適用對象、簡化檢測項目由19項簡化為11項，並鬆綁法令增加管理彈性；推動過程滾動檢討下，106年12月27日再修法規定畜牧廢水資源化處理比率，調適資源化利用法規程序與限制，擴大推動畜牧糞尿資源利用。
為鼓勵更多畜牧業者加入畜牧糞尿資源化利用行列，環保署爭取多項優惠補助與服務到家的措施，包括：補助地方政府及委託養豬協會召開說明會及觀摩會；協助農民檢測沼液沼渣成分、土壤與地下水品質、媒合施灌農地並申請沼液沼渣肥分使用計畫，加以推動；補助畜牧糞尿大場帶小場或集中處理，並補助沼液沼渣集運車輛、施灌車輛或機具、農地貯存桶；推動畜牧糞尿資源化利用示範鄉。108年環保署持續提供協助與補助，資源有限，請有意願的畜牧場及農民把握機會趕快洽地方環保局。
對於沼液沼渣肥分使用計畫上有其他疑問，業者們可向各地方環保局進行詢問，或上環保署水質保護網查詢https://water.epa.gov.tw/Page1_3.aspx。