有關7月30日臺北高等行政法院依行政訴訟法第298條所為裁定，環保署應於裁定送達7日以內，就中部科學工業園區管理局之「中部科學工業園區第三期發展區(后里基地—七星農場部分)」（以下簡稱「中科三期七星農場」）開發行為，逕命該局自即日起，至「中科三期七星農場」開發計畫環境影響說明書重新通過環境影響評估審查時止，停止實施開發行為乙節，環保署表示，會確實依照法院裁定文辦理。惟近日外界對於本案相關事宜，環保署也逐項加以說明。
一、有關環境影響評估審查結論經法院判決撤銷，目的事業主管機關核發之開發許可事宜
環保署表示，環境影響評估法第14條第1項規定：「目的事業主管機關於環境影響說明書未經完成審查或評估書未經認可前，不得為開發行為之許可，其經許可者，無效」及第22條規定：「開發單位於未經主管機關依第七條或依第十三條規定作成認可前，即逕行為第五條第一項規定之開發行為者，處新臺幣30萬元以上150萬元以下罰鍰，並由主管機關轉請目的事業主管機關，命其停止實施開發行為。」依據83年12月30日立法原意及92年1月8日配合行政程序法修正說明，該條文係指「自始未經完成審查」，即應實施環評而未進行，或環境影響說明書或評估書尚未經主管機關作成審查結論，完成審查之情形。有關「中科三期七星農場」案審查結論經法院判決撤銷，此屬首例，當時環保署即邀集相關部會、召開法規委員會研商，並函詢法務部表示意見，確定上述環評法第14條及第22條僅及於自始未經完成審查。至於已依規定實施環境影響評估且經主管機關完成審查，事後審查結論經法院撤銷者，不適用環境影響評估法第14條及第22條規定。依照法務部函釋，法院撤銷環境影響評估審查結論後，目的事業主管機關核發之許可不能解為當然無效，而應認屬得撤銷之情形，應由原處分機關或其上級機關衡諸行政程序法第117條但書規定，判斷有無不得撤銷之情形。「中科三期七星農場」案已由國科會依上述行政程序法第117條但書規定，衡量健康風險初步評估結果、經濟發展、廠商權益及促進就業等整體公益，暫不撤銷。惟此撤銷權之行使，應遵守行政程序法第121條第1項規定，「自原處分機關或其上級機關知有撤銷原因時起2年內為之」。
環保署強調，該署本於環評法主管機關立場，認定中科三期案並不適用環評法第14條及第22條規定，后里當地居民因不服該認定已提出公民訴訟，目前臺北高等行政法院仍在審理中，所謂目的事業主管機關核發之許可「自始、當然、絕對無效」，絕非實情。
二、環保署絕無延宕健康風險評估報告審查事宜
聯合報記者撰文認為中科三期「開發單位遲遲無法通過健康風險評估的審查，有可能是污染太大，過關困難；也可能是開發單位或環保署怠惰，不把通過評估當回事」，又說「如果環保署盯緊中科管理局，儘早審查過關，或許就沒有如今的爭議」，環保署表示絕非環保署怠惰，因為環保署是環評審查機關，只要開發單位將環評資料送進環保署，一定以最快速度安排環評委員開會時間辦理審查，絕不拖延。
可能記者從未跑過環保署新聞，不清楚環評審議過程，事實上環保署在環評審查的工作上動輒得咎，以國光石化案的環評審查為例，因開發單位已將環評資料補件進來，因此密集安排開會時間，也被批評是否要幫開發單位護航，連審查會後第三天發出會議紀錄也被批評到底在急甚麼？
環保署說明本案健康風險評估審查過程，95年「中科三期七星農場」案環境影響說明書審查期間，環評委員會對於健康風險評估議題已有相當程度之討論，最後提環評委員會議時，環評委員（包括主張有條件通過及進入二階環評）於本案表決有條件通過後，再討論修正其中審查結論第五點為：「開發單位於營運前應提健康風險評估，其中必須包含毒性化學物質緊急意外災害類比與因應及針對區內污染正常及緊急排放狀況下，對居民健康之影響提出風險評估及應變措施，送本署另案審查。如評估結果對居民健康有長期不利影響，開發單位應承諾無條件撤銷本開發案。」
97年11月25日中科管理局依據上述審查結論，提出健康風險評估報告至環保署，環保署於97年12月24日召開專案小組審查會，結論為：補正後再審。98年2月3日中科管理局提出補正資料，98年2月23日環保署召開第2次專案小組審查會，仍請中科管理局補充修正後再審，其後該局未再提出資料送環保署。分析該2次健康風險評估報告未審過之原因，第1次審查時主要係因缺乏毒性化學物質緊急意外時之因應對策、質疑原物料清單是否完整、要求致癌性化學物質或VOC應以多介質（含廢氣、放流水、廢棄物）原則綜合評估，另有列席團體質疑后里當地既有污染嚴重及癌症率高問題。第2次審查時，對於該報告評估加總之總終身致癌風險值2.01×10-7爭議不大，僅要求將中科三期后里農場之「飲用水與空氣污染健康效應暴露評估報告」相關內容併入，惟其後中科三期后里農場案之「飲用水與空氣污染健康效應暴露評估報告」遭環保署環評委員會第179次會議退回專案小組，致七星農場健康風險評估無法將其併入。
依中科管理局97年所送健康風險評估報告評估加總之總終身致癌風險值為2.01×10-7，遠低於10-6，惟在97年審查過程中對於當地既有風險是否納入尚無定論。其後環保署於98年3月委託學術單位研擬健康風險評估技術規範草案，並曾召開3場次專家諮詢會議、3場次公聽會及2次研商會議，就各界關心條文內容徵詢意見。經上開研商後，環保署於99年4月9日公布「健康風險評估技術規範」，已明確規定「開發單位於辦理環境影響評估之健康風險評估作業時，應依本規範就營運階段可能運作之危害性化學物質，辦理開發行為影響範圍內居民健康之增量風險評估。」並排除將當地既有風險納入。中科管理局已依據該技術規範，修正其健康風險評估報告內容。
99年1月31日最高行政法院判決確定撤銷環評審查結論後，環保署依據法院判決，發文請中科管理局提出環境影響說明書含健康風險評估等相關書件送環保署審查，99年3月12日中科管理局提出相關書件，經環保署於4月12日、4月29日召開專案小組初審會，均因列席之環保團體杯葛而無法審查，5月27日會議作成結論，就健康風險評估議題召開專家會議。嗣後環保署即依程序於7月5日召開專家會議，結論為補正資料後再審。環保署一直積極辦理相關審查，並無怠惰。
三、97年1月31日臺北高等行政法院判決中科三期七星農場案原處分撤銷後，本案未停工之理由：
按「判決，於上訴期間屆滿時確定。但於上訴期間內有合法之上訴者，阻其確定。」為行政訴訟法第212條第1項所明定，主要即強調行政訴訟雙方當事人皆享有上訴之權利，並避免因一個審級之決定，即對實體處分發生終局性之影響。