環保署參照「菸酒管理法」相關設立許可的規模限制，並同時參酌國外相關釀酒污染的排放係數推估，以及過去已取得本項製程操作許可證的公賣局釀酒廠生產資料等，乃訂定年產量於一百萬公升(約14萬打，以一瓶600cc計算)以上的酒類製造程序者，方需申請設置或操作許可，如此將可排除較小型的污染源(如一般農民成立酒莊、酒棧等製酒業)。該修正公告並已於本(九十一)年二月四日公告施行。
環保署表示；我國自九十一年一月一日正式加入世界貿易組織(WTO)，且於菸酒管理法公布施行後，開放民間業者經主管機關許可後可產製酒類，預料將有相當多的民間製(釀)酒業者加入酒類生產，為提升業者於市場的競爭力，相關法令的配合即顯得十分重要。
環保署說；為配合前揭政策的執行，除積極檢視相關環保法規是否有滯礙難行之處外，並彙整釀酒業者及地方環保機關的意見，經檢討後發現，該署於八十八年三月十二日公告公私場所應申請設置、變更及操作許可固定污染源的「醱酵/酒類釀造程序」，其公告條件係指「以含醣類、澱粉、水果或茶類等原料，從事酒類之釀造、蒸餾及調配等製程之生產者。」，即不分釀酒製程的規模大小，均應依規定申請設置或操作許可證。
環保署強調；該製程管制重點，主要為酒類釀造、蒸煮時的臭味及加熱設備的硫氧化物、氮氧化物等的污染，而因小型釀酒業者污染量較低，不宜比照大污染源管制方式，且設置許可的申請應依法取得技師簽證，簽證費用並不低，將造成小型釀酒業者的負擔，故該署即著手修正該公告條件，以達管制的合理性。