根據行政院環境保護署統計目前全國列管1萬2千餘家應上網申報的事業中，約有500家列管事業仍不依規定上網申報廢棄物產出、貯存情形及每批廢棄物清理流向，另有約300家列管事業不依規定檢具事業廢棄物清理計畫書送審查機關審查，恐有事業廢棄物流向不明，違法任意棄置污染環境之虞，嚴重挑戰法規的執行。該署表示已分別於93年列稽查專案，移請各縣市環保局及三區督察大隊全面稽查、告發及處分，目前已告發處分共計64家事業。
環保署表示為有效管制事業廢棄物妥善處理或回收再利用，逐年擴大列管事業，應檢具事業廢棄物清理計畫書送審及應上網申報每批廢棄物清理流向，截至93年底已促使送審事業廢棄物清理計畫書達1萬3千多件，達應檢具送審件數之98%，而上網申報率業已達96%，已大幅提升事業廢棄物管制成效。
該署表示每次新增列管事業上網申報，皆會透過全國各縣市環保局及公會全面於各縣市辦理申報宣導說明會，及製作教學光碟、說明會講義及相關資訊彙編提供業者參考使用，並設置0800-059-777免付費客服專線提供業者詢問相關申報問題及同步連線輔導業者上網申報，如業者遲不依法上網申報，將予以嚴懲，以嚇阻不法行為。
針對不依法上網申報的業者，環保署表示除定期篩選業者名單，列稽查專案移交各縣市環保局查處外，並請環保局嚴懲無正當理由或置之不理或佯稱忘記申報的業者，讓其不能存有僥倖的心態。
該署表示後續各縣市環保局仍將對不依法上網申報每批廢棄物清理流向及不檢具事業廢棄物清理計畫書的業者開出罰單，一般事業廢棄物處以6千元至3萬元不等罰款，有害事業廢棄物處以6萬元至30萬元不等罰款。環保署呼籲業者，應確實依法上網申報廢棄物流向及檢具事業廢棄物清理計畫書送審，以免被處罰。