環保署於災後即積極投入災後重建工作，主要為協調垃圾清運車輛、機具，調度消毒藥劑及防治蚊蟲藥劑，目前高雄市、臺南市及屏東縣已完成環境清理，其中臺東縣，本署仍持續支援協助，在人力物力上充分支援臺東縣所需環境整頓工作，並已派員至臺東縣協助環境清理工作，期讓民眾可以早日回復正常生活。
環保署表示，今(13)日支援環境清理機具4類（包括傾卸式卡車、鏟裝機、抓斗車及挖土機等）共39輛（部），累計支援機具127輛次，支援消毒藥劑3,600公升於7月9日深夜送達，於廢棄物清理結束、風雨停歇後陸續消毒，目前累計消毒面積294公頃；加強飲用水水質檢驗工作上，督導環保機關及自來水事業單位累計抽驗332件，已完成檢驗之項目均合格，以確保民眾飲水安全。
環保署已訂定「現場督導及協助臺東縣垃圾清運工作規劃」，於 7 月 12 日至 7 月 20 日每日派遣 2 組5 人，協助環保局與當地清潔隊協調聯繫，即時共同解決災區廢棄物及垃圾清運問題。目前已有鹿野鄉、達仁鄉、池上鄉、綠島鄉、蘭嶼鄉、長濱鄉、延平鄉、金峰鄉、海端鄉、成功鎮等10鄉鎮完成清理，其餘鄉鎮市依規劃期程陸續完成清理。
颱風過後傾倒或修剪之樹枝，將分類處理後，進行資源再利用；家戶垃圾則循既有清理體系，妥善收集後分別送至轄內掩埋或送外縣市焚化處理，並已協助臺東縣政府提升清運機具量能，儘速協助臺東縣恢復市容。