環保署表示，有關本次公聽會中環保團體要求環保署認定經濟部及中油公司為污染行為人部分，環保署也曾對此一議題進行研析，並經環保署93年第3次法規委員會議討論，依公司法規定中石化公司與台碱公司於72年1 月1日合併而為存續公司，自當概括承受其各項權利義務。然而經濟部與中油公司雖為董事，不過僅為官股代表，中石化公司為獨立法人，經濟部與中油公司縱使持有股份，但並不是為管理人，因此依土壤及地下水污染整治法之規定，只能認定現有之污染土地所有人－中石化公司應負起污染行為人責任，尚無法要求中油公司及經濟部負擔污染行為人之責任。
環保署說，中石化安順廠的污染情形嚴重，環保署於93年3月19日公告為土壤污染整治場址後，台南市政府即要求中石化公司應依土壤及地下水污染整治法規定辦理場址調查工作，但因中石化公司對污染行為人認定仍有疑義，且正進行司法程序救濟中，故環保署已依法進行「中石化安順廠整治場址及周圍環境污染範圍調查及影響範圍評估計畫」，並於本(94)年1月1日正式開始執行，預計5月底前可以完成管制區外的可能污染查證結果，6月提出初步的場址調查成果，8月底前提出整治經費、方法與期程之初步規劃。
環保署說，場址的污染整治工作決不會受到污染行為人認定而延宕，目前發現有污染的地方都已採取緊急應變措施予以控制，沒有擴散之虞。至於廠區周邊地區只要懷疑有污染，一定會立即進行調查，除了儘早發現污染予以控制外，重要的是對於沒有污染的地方也須證明乾淨，還給土地清白。