因應我國環保產業及施政措施的需求，環保專業證照訓練已擴增到13類證照訓練，且證照核發數亦從開始的每年數百張證書擴展至近萬張，累計至93年底已核發10萬餘張證書，除為我國建立良好的環保專業證照制度外，並培養了數萬名環保污染防制專業從業人員，使環保從業人力不虞匱乏，對我國環境保護工作的推動，成效卓著，環保署訓練所為進一步提升訓練機構的辦理品質與成效，乃建立一套進場及退場的機制，以汰劣存優，經逐步研議相關措施，且邀集專家學者及20餘個訓練機構數次開會研商後，訂定「環保專業證照訓練機構管理要點」、「環保專業證照訓練作業查核要點」、「環保專業證照訓練教材管理作業注意事項」、「環保專業證照訓練機構開班作業注意事項」、「環保專業證照訓練機構辦理考試作業注意事項」及「環保專業證照訓練機構學員參訓資格審核注意事項」等相關的配套措施，並於94年1月1 日正式實施。
環保署表示，機構管理要點中明訂對訓練機構數量進行總量管制，增加訓練機構需以學員訓練需求量超出一定標準或現已經認可的訓練單位違反訓練作業查核要點規定經終止或停止辦理訓練時，即得進行遴選，並設定訓練機構之資格、教學設備、師資條件及遴選之評分標準。而現有之訓練機構查核，則由該署訓練所分別就招生作業、開班作業、考試作業、教材維護管理及訓練經費運用訂出標準作業內容及程序，供訓練機構執行相關作業之標準作業流程，並依標準作業內容及程序訂出查核標準及項目，一旦訓練機構違反作業規定即加以記點，凡累計達一定點數、或以不實廣告招訓學員者、以任何形式將訓練業務轉予其他機構，非自力執行訓練作業、自行縮減課程與時數者、實作課程造假者、訓練機構抄錄或外洩試題者、試卷遺失或清點有誤者、辦理訓練之收支及相關帳冊或憑證未依規定辦理者或會計帳冊查核結果有嚴重缺失者，該署訓練所將立即終止該訓練機構辦理訓練，且三年內不再受理其申請認可。若缺失未達終止辦理訓練的標準，經二次函知應立即改善而未改善者，該所亦得立即停止其辦理訓練一年。
環保署再次強調，環境保護訓練業務，在該署訓練所嚴格之業務監督下，期間曾對部分執行作業有瑕疵之訓練機構處以停辦或停班之處分，現有訓練機構多能嚴守作業規範及本於服務學員完成訓練，已有相當的訓練執行成效；今再將訓練機構之管理與進、退場機制等相關措施實施後，定能再提升訓練機構的訓練品質和專業資源協助。