環保署為瞭解東亞沙塵暴可能對臺、澎、金、馬等地區的影響，不僅在沙塵暴期間積極監測相關空氣品質項目，該署環境檢驗所更具體發展出一套高空採樣技術，以期解開沙塵是否有可能挾帶微生物之謎團。該技術就是利用高空汽球攜帶著採樣器，當高空汽球上升至沙塵暴的影響高度時，採樣器會自動收集沙塵暴中的沙塵，當沙塵樣品採集後，直接進行培養，然後觀察是否有細菌和真菌附著到沙塵顆粒上，並進一步鑑定該菌種是否屬有害之品種。
台灣與日本、韓國同處於東亞沙塵暴之下游路徑。侵襲台灣地區的沙塵暴約略於每年冬末至隔年春季（11月至隔年5月）間發生，其影響時間，短則數小時，長則達3至5天。除了造成大氣中懸浮微粒濃度增加，導致空氣品質達不良等級外，這些經過長程傳輸的沙塵是否有可能挾帶微生物，進而干擾台灣本島的環境生態，以及影響人體健康，一直是民眾關切的議題。
環保署環檢所爲了確認東亞沙塵是否挾帶有微生物，乃在今（95）年三、四月沙塵暴侵襲期間於北縣萬里測站，刻意避開地面微生物之可能干擾，利用高空採樣技術將高空汽球升高到700至1000公尺間之沙塵暴下緣影響範圍，直接採集可能沈降於臺灣地區的沙塵樣品。根據環檢所的檢驗結果顯示，當沙塵暴侵襲時，台灣地區上空大氣中的細菌、真菌數量較平日增加5至6倍以上，且真菌的數量為細菌的20倍。此雖說明紫外線可以大量殺死細菌，但真菌孢子，能抵抗紫外線照射，而得以存活。環保署引用美國科學家的解釋，認為這些長程傳輸的沙塵微生物之所以能夠存活下來，可能是因為剛好躲在厚厚的塵雲遮蓋之下，底部的紫外線暴露水平可能只有上部的一半。因此，底層的微生物在屏蔽之下就有足夠的機會存活。
經過環檢所進一步以16S核糖體核酸分子生物鑑定技術，判定這些較平日增加的細菌，為假單胞菌屬（Pseudomonas）的P. boreopolis、P. fluorescens及P. pseudoalcaligens等菌種；Microbacterium schleiferi （微小桿菌）；Mycobacterium farcinogenes （鼻疽分枝菌）；Bacillus mojavensis （莫哈維芽胞桿菌）等。並以外觀型態初步判斷真菌的種類有Non-sporulating Fungi（非產孢真菌）、Aureobasidium sp.（黑管狀黄柄黴菌屬）、Trichoderma sp.（綠黴菌屬）、Cladosporium sp.（芽枝黴菌屬）、Aspergillus sp.（麴菌屬）、Scopulariopsis sp.（帚菌屬）、Geotrichum sp.（地黴屬）、Fusarium sp.（新月黴菌屬）、Curvularia sp.（彎孢黴菌屬）、Sporothrix sp.（腐蝕性真菌屬）、Alternaria sp.（交錯黴菌屬）、Penicillium sp.（青黴菌屬）及Trichophyton sp.（毛髮黴菌屬）等。
環檢所表示，平時台灣地區大氣中所採樣的細菌量為沒有，真菌含量為15 CFU/1000 L（即每1000公升空氣體積中有15個菌落），沙塵暴期間細菌量增加至17 CFU/1000 L，真菌含量增為100 CFU/1000 L。上述鑑定出所增加之細菌或真菌，多存在於一般自然環境如土壤或有機腐物中。由於台灣地處亞熱帶，氣候溫暖潮濕，提供種類繁多的微生物合適的生長環境，因此大氣環境中微生物的暴露問題一直存在著。至於其危害程度環檢所將列為優先重點工作，進一步調查與研究。
事實上，環保署近年來已積極進行東亞沙塵暴之預警，及其挾雜各種成分特性之監測工作，並委託學術研究機構評估此懸浮微粒暴露可能造成之健康風險。然而，不管東亞沙塵是否挾帶有微生物或其他成分，這些能經過長程傳輸的沙塵顆粒，一般粒徑大多介於2.5到10微米，民眾在呼吸時無法藉由鼻毛過濾。因此，環保署呼籲在沙塵暴影響期間，民眾外出應佩戴口罩防護，有呼吸道疾病或哮喘的民眾、老人、小孩等扺抗力較弱者，應儘量避免外出或劇烈戶外活動，才是上策。