行政院於本（九十一）年一月十六日院會通過「二○○二年生態旅遊年工作計畫」，並將二○○二年訂為「台灣生態旅遊年」（按聯合國亦將二○○二年訂為「國際生態旅遊年」），行政院並要求各有關機關積極辦理生態旅遊年工作計畫，其中行政院環保署係負責訂定「生態旅遊環境監測機制」，以瞭解生態旅遊地是否超限使用，以便供預警及事先因應。
環保署認為生態旅遊是一種兼具生態保育及休閒遊憩的活動，屬於以自然取向，透過教育和解說，引導遊客體驗生態之美，認識其重要性並共同保護資源的深度旅遊方式，惟生態旅遊地區環境脆弱，需建立相關規範，以避免環境遭受破壞，確保生態資源永續利用。
為此行政院環保署於日前邀請觀光主管機關、地方政府及中國民國永續生態旅遊協會研商該署擬定的「生態旅遊環境監測機制」，會中獲致的結論包括：一、生態旅遊環境監測機制適用之範圍包括：休閒農漁業區、森林遊樂區、國家公園、農場、森林遊樂區、原住民地區、實驗林區、國家風景區及直轄市、縣市風景區的生態旅遊地，未來則視需要逐步擴展至其他範圍，如文化生態旅遊等，二、生態旅遊地的環境監測計畫應由管理單位規劃執行，環保署則提供環境監測計畫之查核表，環境監測項目將視生態旅遊地的環境特性訂定，包括：陸域生態、水域生態、人文景觀、水文水質、交通、廢棄物清除處理、環境衛生、空氣品質、噪音振動等， 三、環境保護主管機關及生態旅遊之權責機關應對環境監測情形複核，以掌握生態旅遊地是否超限利用。此外，行政院環保署為使開發單位重視生態的評估，已依「開發行為環境影響評估作業準則」規定公告「植物生態評估技術規範」，對於植物生態評估作業的步驟、內容、方法均有詳盡之規範，該署表示未來將陸續進行「動物生態評估技術規範」的研訂及公告。
行政院環保署強調，生態旅遊可以領略生態旅遊地的人文氣息及自然之美，也可以透過認知與感官性靈潛移默化中，薰陶出對土地的關心與熱愛，但該署也呼籲參與生態旅遊的民眾，於生態旅遊過程，不製造污染及噪音、不留下任何廢棄物、不驚動、不干擾當地生物的作息、不帶走一草一木、以欣賞代替佔有，以攝影代替摘取，以足跡代替刻字，以體驗代替破壞，共同維護永續生態旅遊。