行政院環保署五日發布九十年全年飲用水水質抽驗結果，共抽驗自來水水樣一一、八一三件，不合格一六三件，不合格率為一‧三八％。其中不合格率超過一個百分點的縣(市)按高低排序分別為金門縣、連江縣，高雄市、澎湖縣、高雄縣、基隆市等六個縣市。另供飲用的非自來水水樣共抽驗七二○件，不合格四○二件，不合格率為五十五‧八三％，不合格項目主要以大腸桿菌群二六九次最多、其次依序為氨氮、濁度、pH值、總菌落數及硝酸鹽氮等項目。
環保署說：自來水水質不合格項目則以氨氮六十九次最多、其次依序為自由有效餘氯、pH值、總菌落數及大腸桿菌群等項目；而其餘縣(市)不合格率均未超過一個百分點，更有台北市、台北縣、桃園縣、新竹縣、雲林縣、嘉義縣、屏東縣、花蓮縣、台東縣、新竹市、台中市、嘉義市、台南市等十三個縣(市)抽驗合格率達百分之百，顯示大部分縣(市)自來水水質均在標準範圍之內，以危害人體健康的風險來看，應是安全性無虞。
環保署表示，九十年一至十二月自來水水質抽驗不合格率較八十七、八十八年略高一個百分點，但較八十九年略低○‧二個百分點(八十九年七月份發生旗山溪污染案件，影響高雄地區自來水水質達二個月)，主要係因第二階段飲用水水質標準自八十九年十二月一日起施行，就水質檢測數據來看，九十年全年水質狀況較往年為佳，僅有高雄地區及離島地區因原水水質狀況不佳或淨水場操作不良，導致水質抽驗不合格率偏高。而依不合格項目來判斷，以氨氮不合格六十九次最多，其次依序為自由有效餘氯四十五次、pH值二十三次、總菌落數十四次、大腸桿菌群十三次及濁度與氯鹽各八次等，大都屬影響適飲性項目及細菌性項目，其中氨氮不合格主要係因自八十九年十二月一日起氨氮標準由○‧五毫克／公升加嚴至○‧一毫克／公升(較其他先進國家嚴格)，再加上一開始實施部分水廠操作尚未適應所致，造成九十年上半年氨氮不合格的濃度大都介於○‧一至○‧三毫克／公升之間，其中高雄市九十年四月份即發生三十七次氨氮濃度逾越標準，致該月份不合格率高達四十‧八五％，其後大都可合乎標準，並呈穩定狀態；而自由有效餘氯、pH值及氯鹽等項目不合格大都發生在離島地區，其原因大抵是因離島地區水源天然條件不佳及淨水場操作不良所致，尤其是金門縣不合格的自由有效餘氯及pH值經常低於水質標準值。
環保署進一步表示，自來水水質抽驗不合格原因大抵是部分地區水源水質狀況不佳、管線可能遭受到污染及淨水場在淨水處理上或水質監控上有瑕疵所致。環保單位對於水質抽驗結果未符合飲用水水質標準者，除依法處分外，並均通知供水單位限期改善完成，以有效督促自來水事業單位加強水質的監控並提升淨水處理程序。
九十年供飲用的非自來水水質不合格率偏高原因，環保署經調查主要是因大部分簡易自來水、飲用水井、山泉水等均未經過妥善的處理及消毒，以相同的飲用水水質標準作為判斷依據，造成大腸桿菌群、氨氮、濁度、pH值、總菌落數及硝酸鹽氮等項目濃度逾越標準，不合格率自然偏高。對於未接用自來水地區的供飲用的非自來水，除由地方環保機關加強水質查驗外，並加強宣導民眾，已裝設消毒設備的非自來水系統應確實加藥消毒，未裝設消毒設備者，應煮沸後才可以飲用，切勿生飲等。此外，並協調經濟部、原住民委員會督導縣(市)政府加速進行簡易自來水改善工作。
環保署強調，九十年全年台閩地區自來水水質抽驗合格率達百分之九十八•六二，自來水可以說是最安全、最方便的飲用水。為確保民眾飲用水安全，環保機關除持續對飲用水水質進行抽驗工作外，環保署亦會同經濟部督導台灣省自來水公司儘速推動大高雄地區自來水後續改善工程計畫(取水口上移及增設高級淨水處理設備等)，並持續要求自來水公司加強淨水處理及水質監控。環保署亦呼籲，改善飲用水品質治本之道仍在水源水質保護，為保護民眾飲用水安全，由經濟部、農委會及該署共同執行的「飲用水水源水質保護綱要計畫」｜高屏溪等五大流域水源保護區養豬戶(場)依法拆除補償工作，已於去(九十)年十二月底執行完成，整體而言，水源中氨氮濃度已逐漸降低，將可減緩澄清湖中藻類的生長及降低淨水處理的加氯量，因此對自來水中異臭味將有相當程度的改善。針對偏遠且無自來水地區的水質不合格率偏高問題，環保署除要求供水單位改善，並自去(九十)年起協調行政院原住民委員會擬定「改善原住民地區部落飲水設施計畫」，預計改善經費為三十七億八千萬元分四年改善原住民飲用水品質；經濟部亦針對偏遠地區擬定「偏遠地區自來水改善計畫」，預計自九十一年至九十五年分五年執行改善，改善經費為十一億一千萬元。離島之金門、馬祖地區該署亦協商經濟部輔導改善，該部已於九十年度補助金門、馬祖地區各二千三百萬元改善自來水設備，並依離島建設條例規定各分別補助金門縣及連江縣水價差額七、九二七萬元及三、九九○萬元，以協助縣政府改善設備。