有關台電公司規劃於小坵設置核廢料最終處置場案，環保署表示：台電公司已於本（九十一）年二月十八日將本案相關資料送達該署，將於近期內邀集學者專家及相關機關等召開評估範疇界定會議，繼續討論。環保署表示小坵案係於九十年五月三十一日經該署環境影響評估審查委員會審查，決議應繼續進行第二階段環境影響評估，其理由包括：
（一） 應考量區位之特殊性及敏感性，予以分析本計畫之可行性（含政治風險、成本效益）。
（二） 應詳細評估核種滲漏對海域生態之影響。
（三） 應詳實執行環境調查。
（四） 應補充具體之環境管理計畫及緊急應變計畫。
（五） 應將場址替代方案（至少二處其他候選場址）納入評估。
環保署於九十年十二月十八日召開會議，討論小坵案第二階段環評作業內容，由於台電公司當時未依第一階段審查結論提出至少二處其他候選場址替代方案納入評估，因此請台電公司提供六處場址（含小坵場址）之評比資料，供下次會議討論小坵場址以外之其他五處候選場址，選出二處作為場址替代方案。
環保署表示，台電公司核廢料最終處置場場址之環評係以小坵為主方案，環評審查要求提出場址替代方案，在過去其他爭議性開發案的審查中也有類似作法，並不表示本案審查有意轉移目標。環保署強調，本案正依環評法進行第二階段環評，有關可能列入之二處替代方案目前僅納入評估，未來除非小坵案經環評審查委員會否決，或台電公司主動放棄小坵場址之開發，台電公司方可能將其他替代方案正式提出送審。