環保署指出，全國水肥每日清運量約為1,900公噸，依現有處理設施已有足夠去處，並非報載全國每天有4,000公噸水肥去向不明或四處流竄，目前除金門縣及連江縣外，其餘縣市均已有合格清除機構；惟有少數業者為節省成本而不願意支付處理費用，有非法任意棄置水肥之情形，該署已持續責成地方環保機關加強稽查取締，遏止業者非法傾倒棄置之情形。
環保署表示，水肥除了以水肥處理廠處理外，目前共有臺北市迪化臨時投入站(處理量450公噸/日)、新竹市水肥廠(處理量30公噸/日)、台中市水肥廠(150公噸/日)、臺南市水肥廠(60公噸/日)及高雄市水肥廠(處理量200公噸/日)等5場，處理量740公噸/日，還可以垃圾滲出水處理廠、工業區污水處理廠、下水道污水處理廠處理。該署為提供水肥妥善處理去處，目前正推動新竹縣、市及嘉義縣、高雄縣、花蓮縣、南投縣興建垃圾滲出水（含水肥）區域處理廠，並持續推動屏東縣、彰化縣、雲林縣、宜蘭縣、苗栗縣等縣進行既有垃圾掩埋場滲出水處理廠改善工程，以協助處理水肥；另外已補助彰化縣經費，於工業區污水處理廠增設水肥前處理設備、補助宜蘭縣辦理水肥投入站設置計畫細部設計及監造費用、補助台中市辦理水肥廠水肥投入口新建工程計畫細部設計費用、同意補助桃園縣污水處理廠設置水肥投入站細部設計經費等。
環保署說，水肥是民眾生活中的產物，早期於農業社會時，農民將產生的水肥運至農田當作肥料使用，並無水肥處理的問題。惟隨著都市發展，人口不斷的增加，相對的水肥量亦增加，目前在接管使用污水下水道地區，以污水下水道系統處理水肥，而在未有污水下水道地區，以建築物的化糞池或污水處理設施處理水肥。由於化糞池或污水處理設施處理過程會有污泥沉澱，且因設施有容量限制，故民眾仍需一年清理一至二次沉澱的水肥物質，才可使設施發揮正常處理功能，避免設施阻塞衍生排水及相關臭味問題，但因沉澱的水肥物質具相當的有機性，仍需送至水肥處理廠再行處理，以避免污染環境。另目前水肥清運工作多由民眾自行洽商清除機構清理，所以大部份縣市尚無水肥清運確實的統計資料，據該署93年推估全國水肥每日清運量約為1,900公噸；至94年底取得水肥（D-0104）清除許可之機構共計有752家，其中甲級清除機構39家，乙級清除機構436家，丙級清除機構277家，實際清運水肥者以丙級業者居多。
環保署強調，目前該署正積極推動全國水肥處理方案，各縣市亦已依轄內現況研擬水肥妥善清理推動計畫，據以推動相關具體執行措施；另除積極建置或協調相關水肥處理設施外，為使水肥清除業者了解相關環保法令，建立正確清除觀念，自94年11月期間，假高雄市、彰化縣、桃園縣、臺北縣、臺中市等地各辦理水肥清除業者教育宣導說明會，與會業者對環保單位的努力多表肯定。民眾可逕至環保署網站查詢各縣市水肥清除機構名冊(網址：http://waste1.epa.gov.tw/Grant/GS-UC60/QryGrantData.aspx。)