針對行政院主計處日前發布的九十年國民生活指標，顯示飲用水檢測不合格率較八十七年為高，環保署表示：九十年一至十二月自來水水質抽驗不合格率雖較八十七、八十八年略高○‧五個百分點，但較八十九年略低○‧三個百分點，主要係因較嚴格之第二階段飲用水水質標準自八十九年十二月一日起施行，其中氨氮標準由○‧五毫克／公升加嚴至○‧一毫克／公升(較其他先進國家嚴格)，再加上一開始實施部分水廠操作尚未適應所致，造成九十年上半年氨氮不合格的濃度大都介於○‧一至○‧三毫克／公升之間，其中高雄市九十年四月份即發生三十七次氨氮濃度逾越標準，致該月份不合格率高達四十‧八五％，之後大都可合乎標準，並呈穩定狀態；此外，台北市、台北縣、桃園縣、新竹縣、雲林縣、嘉義縣、屏東縣、花蓮縣、台東縣、新竹市、台中市、嘉義市、台南市等十三個縣(市)抽驗合格率達百分之百，顯示大部分縣(市)自來水水質均在標準範圍之內，以危害人體健康的風險來看，應是安全性無虞。
環保署表示，環保單位對於水質抽驗結果未符合飲用水水質標準者，除依法處分外，並均通知供水單位限期改善完成。環保署強調，九十年全年台閩地區自來水水質抽驗合格率達百分之九十八•六二，自來水可以說是最安全、最方便的飲用水。為確保民眾飲用水安全，環保機關除持續對飲用水水質進行抽驗工作外，環保署亦會同經濟部督導台灣省自來水公司儘速推動大高雄地區自來水後續改善工程計畫(取水口上移及增設高級淨水處理設備等)，並持續要求自來水公司加強淨水處理及水質監控。