本次莫拉克颱風受災六縣市，除台南市大致已經完成災後復原外，其餘五縣市包括屏東縣、高雄縣、台南縣、嘉義縣及台東縣正加速災後環境復原工作，目前仍持續進行環境清理及消毒工作中。
環保署表示已將受災鄉鎮公所秘書、清潔隊長及重點災區村、里長納入通聯對象，定時聯繫，以詳確掌握及彙整災情狀況、災區需求提供及環境清理作業進度。
環保署說明現階段將詳實掌握及每日更新受災鄉鎮「水退路通」、「淤泥清除」、「垃圾清除」、「街道清洗」及「消毒作業」等環境整頓情形，並採取下列措施：掌握死亡家禽畜情形及救災需求與資源調度情形；掌握水退及路通時間，並預先調度準備沖洗兩用清溝車，支援疏通排水溝渠阻塞淹水狀況，將支援家戶垃圾、戶外垃圾及溝渠淤泥等清運作業，列為現階段首要工作。另主動整合國軍及民間資源協助受災戶清理作業。最嚴重地區搭配調集以每村里2-3部小山貓配1部小卡車之車組(巷道清理)及1部鏟裝車配2部大卡車之車組（大街道清除）等支援村里長進行家戶內、外垃圾清理，並採「日間搬至轉運站、夜間實施(怪手搭配卡車)清運」方式(一轉運站配置1-2部怪手及3-5部大卡車等數量估計需求)，加速垃圾清除作業進度，以免影響後續環境消毒作業進行。
環保署並已要求環保單位於受災地區積水退去後，立即同步展開環境清理，對主要街道第一波廢棄物清理工作應於 3日內完成，後續以輪動式「即丟即清」方式處理，希望能夠提升清運效率，儘快恢災後市容整潔。清理完成，迅即進行環境消毒。截至8月16日止，全國環保單位已投入20,950人次、機具584輛，包括回收車、挖土機、大卡車、吸泥車、水箱車、斗車等。
環保署亦表示將補助受災縣市環境整理經費，請受災地區可依實際需求緊急提出申請，並述明經費需求目的及用途，俾利核撥作業。