環保署為深入瞭解工業區水污染防治情形， 94年度首次對全國列管49處工業區下水道系統，按廢水量分3組辦理查核評比。評比結果優等者有：南科、竹科、新竹、竹科-竹南園區、雲林科技、新營、彰濱-線西、永康、台中港倉儲等9處工業區下水道系統；另包括林口工二、光華、宏碁智慧園區、台中港特定區、芳苑、斗六、平鎮、林口工三、大園等9處工業區則亟待改進，其他列為普通。整體而言，科學園區表現較一般工業區為佳，而部分雨水下水道遭受污染等為亟需改進之問題。
環保署本年度工業區查核評比包含污水處理廠、雨水下水道管理及整體水污染管制等重點項目；評比結果依開發管理之主管機關不同，表現好壞依序為國科會、經濟部工業局、地方政府。整體而言，科學園區因資源、經費及人力素質等各方面條件相對較高，對工業區水污染防治工作較為落實。另如依管理模式而言，由工業區自行操作管理者已漸上軌道，而委外待操作管理之工業區則因操作單位素質好壞，表現呈現兩極化。總結前五大需改善之問題有：污水廠未妥善維護及設備閒置、雨水道巡查未落實、異常水質緊急應變能力不足、雨水道疑似遭偷排及前處理廠商管制未落實等。
環保署進一步說明，依前五大評比時發現需改善之問題顯示，其中三項為工業區經由雨水道而污染區外承受水體。而評比時針對各工業區雨水道放流口水質採樣檢測顯示，有高達54％之雨水道水質超過放流水標準，最高測得異常水質超過國家放流水標準150倍。對照統計至94年度11月，環保機關對工業區區內事業處分總計107家次，其中屬繞流偷排者比例即佔40％以上。因此，有關工業區雨水下水道乃至區外承受水體受污染情形，亟需優先正視及處理。
環保署強調，未來將秉持資訊公開原則，將設置專屬網頁，公佈工業區下水道系統管理、評比結果及環保單位稽查管制成果等相關資訊，讓全民查詢監督。而基於政府一體原則，亦將請行政院國科會、經濟部工業局等相關工業區開發及管理之主管機關，共同督導改善工業區水污染防治工作。而針對本年度評比較差且雨水道污染情形嚴重者，如光華、芳苑、平鎮及大園等工業區，將列為95年度環保單位重點稽查管制對象，並配合環保署「違反水污染防治法嚴重污染案件罰鍰額度裁量基準」，重罰工業區繞流偷排等重大違法業者，期有效提昇工業區水污染管制成效。