水庫水質如遭微囊藻污染，所產生的藻毒可能造成水體環境之危害及飲用水源之污染。環保署環境檢驗所為防微杜漸已開發出微囊藻篩檢新技術。
目前台灣地區正邁入春、夏季節，此時期剛好是藻類繁殖最旺盛之際，如遇上缺水期或大量污染源進入水庫時，有「水庫殺手」之稱的微囊藻（Microcystis）常會伺機大量繁殖，不僅有礙水庫景觀，增加自來水廠處理水質的難度，甚至影響民眾飲用水質的安全。
1998年巴西傳出洗腎用水遭微囊藻毒污染，導致洗腎病患集體急性腎衰竭約60人死亡案例。國外曾發生過水牛、鱷魚喝了含有毒藻的水而死亡的事件。當「水庫殺手」微囊藻大量繁殖時，有時會產生微囊藻毒，如果水庫供為飲用水源，人體飲用後會導致肝臟增大、纖維化、出血及衰竭；它也是一種腫瘤促進因子，長期飲用會增加肝癌及肝腫瘤的風險。
國內有些水庫曾經被檢出微囊藻，尤其是小型水庫受營養鹽、溫度影響大，容易滋生藻類，因而引起附近民眾飲水莫名的疑慮。由於以往微囊藻檢測不易，需要藻類專家才得以分辨鑑識，而且常常是大量繁殖後才被發覺，緊急處理為時已晚。因此，環保署環境檢驗所為防微杜漸，特別與台灣大學合作開發分子生物技術，以即時性聚合酵素連鎖反應儀（Real-Time PCR）在微囊藻極少量時即予檢出，此新研發的篩檢技術可作為發生藻華前的預警系統，即時提供給自來水廠水質處理之資訊，為民眾飲水安全提供進一步把關。