由於旱象持續，為避免因水源短缺而影響飲用水安全，環保機關3月起已加強抽驗公共飲用水水質，以及稽查主要供水水源區污染源，此外，環保署也請民眾缺水期間飲用水應煮沸，不要飲用來源不明的水，儲水時應加蓋且不宜儲水過久，並注意停水期間抽水馬達使用，以免管線負壓污染水質。相關資訊已於該署網站之抗旱資訊專區(http://www.epa.gov.tw/mp.asp?mp=dt)提供民眾參考。
為因應缺水期間衍生水質問題，環保機關自3月起已加強公共飲用水水質、包盛裝水水源水質及公共飲水機水質檢驗，並針對限水區域加強稽查取締供水水庫集水區及淨水廠取水口上游污染源，且增測主要供水河川及水庫的水質，以掌握水質變化。針對限水縣市主要供水淨水場之自來水、供水河川及水庫的水質檢測結果已於環保署網站之抗旱資訊專區公布，其中今(104)年1-2月環保單位抽驗自來水水質結果與去年全年平均相較無異常。
為保障乾旱期間飲用水安全，環保署提醒民眾飲用水務必煮沸，並建議至少3分鐘，而停限水地區民眾儲水時，應注意加蓋以避免污染，並且不要貯存過久，此外，不要飲用來路不明的水。另由於一般自來水於停水期間，自來水管線內壓力會比管線外圍小，易造成污水滲入管線而污染水質，因此停水前先儲備相當之飲水量，停水期間關閉抽水馬達，初復水期應適當放水，復水後如發現水質有混濁、異色及異味等現象，請勿使用，並立即通報當地自來水事業單位處理。（http://www.water.gov.tw/00home/home.asp) 台灣自來水公司、 (http://www.water.gov.taipei/ )臺北自來水事業處
乾旱期間自來水事業單位亦已採取應變措施，加強淨水處理管理，確保水質安全，民眾如有任何飲用水問題可直接洽詢各地自來水事業單位或當地環保局，另民眾如發現水源區有異常污染，請撥打0800-066-666專線通報，俾利環保單位追查污染源，共同維護水源水質安全。