過去天然災害發生後，大量廢棄物的處理問題無相關行政管理規定，致行政體系各自為政，增加協調事項，影響處理時效。為減少行政作業，加速災害廢棄物清理工作，使直轄市、縣（市）主管機關清除、處理天然災害（風災、水災、震災、旱災、寒害、土石流災害等）產生的廢棄物能有所依循，行政院環保署特擬定「天然災害廢棄物清除處理執行原則」。依該原則，直轄市、縣（市）主管機關應於天然災害發生後，公告受災地區廢棄物清除、處理作業方式及時間，並視轄區的實際作業需要增訂相關規定，以提供民眾對災害廢棄物清理作業的資訊；另為減輕災民的負擔，執行機關清除、處理天然災害產生的廢棄物，得酌減收取清除處理費用。
環保署表示；天然災害廢棄物的清除，家戶部分由執行機關清除，事業部分由事業自行清除或委託公民營廢棄物清除機構、執行機關代為清除，其他非事業部分則依廢棄物清理法第十四條規定，由執行機關指定其清除方式及處理場所。
環保署說天然災害產生的廢棄物，其適燃性部分以減量考慮為原則，優先以焚化方式處理，不適燃性及不可燃性部分以掩埋方式處理，以焚化及掩埋互相配合的方式清理，規定設有焚化廠的直轄市、縣（市），由其轄區內的焚化廠處理適燃性廢棄物；未設有焚化廠的直轄市、縣（市），尋求鄰近設有焚化廠的直轄市、縣（市）協助處理適燃性廢棄物；以掩埋方式處理者則規定直轄市、縣（市）應自行或互為協助處理不適燃性及不可燃性廢棄物。
環保署強調；有關天然災害廢棄物處理的申報，依廢棄物清理法第二條第四項規定的事業，應填報資料送直轄市、縣（市）主管機關備查，其屬指定公告應以網路傳輸方式申報的事業，依廢棄物清理法第三十一條第一項第二款規定依中央主管機關規定的格式、項目、內容、頻率辦理申報。