針對某周刊報導彰化線西及伸港二鄉鴨蛋戴奧辛污染事件，環保單位無能放任乙節，環保署表示，為了追查戴奧辛污染源，政府相關單位於事件發生後即積極合作追查污染源，期間環保署至少採集220件樣本，分析3,700項成分；農委會至少採集58件樣本，分析980項成分；衛生署至少採集20件樣本，分析340項成分，共計至少投入100餘人力的行政成本，並由3機關共同推薦7位學者專家組成調查小組，以獨立、公正及客觀之立場，以及科學論證方式，探究事實真相。最後於94年12月依據該署、農委會及衛生署所共同邀請的學者調查小組所完成之調查報告公布調查結果，其結果發現黃奇文養鴨場明顯受台灣鋼聯公司排氣之戴奧辛影響，各鴨場因地理位置及環境特性不同，其可能來源應屬多重性，包括：落塵、集塵灰非法棄置、土壤、植物及餵食材料等，且個別鴨場之各項來源貢獻比例亦不同。而線西鄉及伸港鄉鴨蛋戴奧辛值略高現象係地區局部性，污染來源為多重性。
環保署表示，針對調查結果環保署採取了許多項積極措施包括：戴奧辛排放之立法管制、加強廢棄爐渣與環境清理、進行當地環境監測、辦理公害糾紛處理、及進行當地環境改善等，以有效改善當地環境，期使鴨農能早日復養。環保署指出，為有效管制鋼鐵業集塵灰高溫冶煉設施戴奧辛之排放，已於94年10月12日訂定發布「鋼鐵業集塵灰高溫冶煉設施戴奧辛管制及排放標準」，規定包括台灣鋼聯公司在內之集塵灰冶煉設施，自94年10月12日起要符合9ng I-TEQ/Nm3排放標準，自95年9月1日起要符合1ng I-TEQ/Nm3排放標準，而台灣鋼聯公司戴奧辛排放已於94年7月完成第1階段戴奧辛排放改善，於95年1月17日至25日進行空氣污染物排放檢測，其戴奧辛檢測結果為1.727 ng I-TEQ/Nm3，符合上述排放標準管制值9ng I-TEQ/Nm3。而該公司目前已完成第2階段戴奧辛排放改善，將以符合1ng I-TEQ/Nm3為目標現正積極調整中，可望於7月初即可符合該標準。
環保署表示亦已積極辦理廢棄爐渣及環境清理工作，除由彰化縣環保局辦理19戶鴨舍環境清理工作外，對於非法集塵灰渣場址目前亦已在處理中。而除有效管制台灣鋼聯公司戴奧辛排放及進行廢棄爐渣及環境清理外，環保署亦將補助輔導彰化縣環保局辦理「彰化縣線西鄉及伸港鄉社區生活環境改造計畫」，以提高該地區環境品質。
有關公害糾紛處理部分，環保署表示，經該署與彰化縣環保局多方努力及協助，11位停養鴨農與台灣鋼聯公司進行協調，初期已有9位鴨農同意達成協議；另2位鴨農雖仍有爭議，亦經輔導循公害糾紛處理法之調處程序後，同意再進行協商，於95年5月12日達成協議。
環保署強調，該署相當重視彰化線西及伸港二鄉鴨蛋戴奧辛污染事件對鴨農及一般民眾之影響，對各項可能污染源均已採取有效之管制措施，相信經由各項之努力將可還給彰化線西及伸港二鄉一個清潔無污染的生活空間。