朴子溪的水質變好了，由環保署監測資料顯示，75.7公里的朴子溪，嚴重污染的河段已經從89年的46.7%降為93年18.7%，大幅減少21.3公里。環保署說，80年代朴子溪嚴重污染，但自90年開始執行朴子溪流域污染整治計畫，由環保署和嘉義縣政府攜手推動朴子溪的污染整治工作，其成效由朴子溪下游明顯增加的生態、出海口可親近河川的竹排觀光業的蓬勃發展，就可以知道，乾淨的朴子溪已經回來了。
為保持朴子溪的河岸面清淨，環保署歷年補助縣政府移除沿岸16處大型髒亂點，總計清除2萬3千公噸的堆積垃圾;封閉復育朴子溪沿岸新港及太保2處垃圾場;為維持河面無垃圾的目標，也在朴子溪沿岸設置20處40組移動式即時監視系統，以預防並遏止廢棄物經隨意傾倒於河川中，讓河川哭泣變色。
除此之外，環保署並鎖定流域內工業污染源加強稽查，並同時進行養豬廢水處理評鑑輔導，針對200頭以上的養豬場加強輔導。另請台糖公司蒜頭糖廠停養豬隻3萬頭，加上民間養豬場自動停養3,500頭，共計削減污染量達24％。
環保署說，為了整治朴子溪，在上游水源區設置的入滲溝及草帶，處理初期部分暴雨逕流廢水;在中游中洋子河段設置1.8公頃的高灘地漫流設施，及月眉潭橋設置河中曝氣工程，將空氣打入河水中，增加水中溶氧以加速有機物的分解。環保署又說，介壽橋下4.4公頃的人工溼地，是94年1月才完工啟用，引朴子溪水至河岸高灘地，藉由植物、土壤與微生物的吸收與分解，每天自然處理近2,800公噸的污水，每年削減10,000公斤的污染物。
為確保生物多樣的生態環境，在環保署的補助下，嘉義縣政府於朴子溪下游完成帶狀30公里的生態景觀步道及5處面積16公頃的親水生態園區，並於竹崎鄉完成了一座具生態教育意義的圓崇國小生態園。而今(94)年初啟用的朴子溪水質淨化生態園區，6座生態人文展示館及1.4公頃具有水質改善功能的生態列車景觀工程，提供民眾更多的親水休閒空間、復育保育的教育場所。
河川污染整治也少不了民眾的參與，在環保署的補助及嘉義縣政府的努力下，已成立7鄉鎮27個社區水環境守望，約有700位的河川志工主動巡守熱情參與，93年度巡守時數高達30,000小時，並查獲了7處的髒亂點、1處不明暗管及12場的淨溪宣導活動，目前的朴子溪已不復見往日的髒亂，取而代之的是生態的復育及觀光的效益。
環保署最後表示，經由這幾年軟、硬體持續的整治，我們預期朴子溪流域在最短的時間內，必可回復往日水質清澈、風景秀麗、自然生態豐富的多樣風貌。