環保署郝龍斌署長於本（九十一）年二月十一日宣示：九十一年為河川污染整治年，並優先選定包括淡水河、南崁溪、客雅溪、中港溪、烏溪、北港溪、朴子溪、鹽水溪、將軍溪、二仁溪、典寶溪、鳳山溪、高屏溪等十三條河川為整治重點河川，優先整治，期帶動全國重視河川整治，集合全民力量再現河川清淨原貌。
環保署除積極推動十三條河川的親水建設外，除淡水河已納入「淡水河系污染整治後續實施方案」持續辦理，及烏溪流域將於九十二年度擬定稽查專案外，該署針對前述重點河川已執行稽查管制專案對沿岸污染源加強稽查，各河川取締初步執行成果：
（一） 南崁溪：郝署長曾於今年四月十五日於桃園縣南崁溪流域廠商座談會，宣示加強稽查管制此流域內事業廢水，其後於六月間對涉嫌違法傾倒有害事業廢棄物（廢酸液）於蘆竹鄉坑口村污染南崁（舊）溪業者，如永光公司二廠、濟緯公司及信潔公司等三公司依法告發處分，並對永光公司二廠部分製程處以停工處分，展現執法決心。截至十一月共計稽查一八八廠次，告發處分七十六件。
（二） 客雅溪：由於客雅溪為新竹地區市鎮污水、工業廢水、畜牧廢水等污染源主要承受水體之一，並接納了科學重鎮新竹科學園區的廢水，過去新竹香山地區海域、河川水體曾遭受含銅廢水污染，引發「綠牡蠣」事件，為敏感度較高的河川，乃列為優先整治河川。截至十一月共計稽查三六八廠次，告發處分十四件。
（三） 中港溪：近年來苗栗縣中港溪中、下游河段常發生魚群暴斃事件，引發民眾關切，該署為遏止污染，篩選沿岸廢水量與污染量較大污染源加強稽查。自五月至十一月共計稽查一二一廠次、告發處分十六件、移送地檢署偵辦二件及查扣機具乙具。
（四） 北港溪：流經雲嘉地區的北港溪，根據環保署歷年監測結果顯示本河川水質遭受污染，乃選定為優先整治河川，期能改善北港溪河川水質。自九月至十一月共計稽查四十七廠次，告發處分七件。
（五） 朴子溪：嘉義縣朴子溪上游為飲用水水源，下游牡蠣及文蛤養殖業興盛，為維護流域水體水質，選定為優先整治河川。自九月至十一月共計稽查六十二廠次，告發處分十六件。該流域結合整治計畫的實施，其生化需氧量等四項綜合水質標準達成率已經從八十八年的27%上升至九十一年一至八月之33%，而與河川生態最有關連之溶氧達成率更由45%上升至73%，顯見自整治計畫實施以來，水質已逐漸改善。
（六） 鹽水溪：鹽水溪發源於台南縣大坑尾，流域範圍涵蓋台南縣九鄉鎮市及台南市五行政區，由於目前都市污水下水道普及率偏低，鹽水溪沿岸家庭污水都是在未經處理之情形下直接排入，而感受到鹽水溪污染最明顯的是出海口養殖魚塭漁民，因乾旱使得污染加重，下游水道二百公頃魚塭區只能靠漲潮時取用溪水入塭養魚，致漁民屢次陳情水質污染。自三月至十一月共計稽查 一一○五廠次，告發處分二二四件。
（七） 將軍溪：台南縣將軍溪水體的主要用途為灌溉及區域排水，上游以養豬為主，中游為漁牧綜合經營，下游則大部分為養殖業。此流域主要污染源來至於麻豆工業區及官田工業區、麻豆鎮及佳里鎮等工廠，主要行業別有製革業、化工業、金屬表面處理業等。截至十一月共計稽查一一五廠次、告發處分三十六件。
（八） 二仁溪：二仁溪源自高雄縣內門鄉，流經台南縣關廟鄉、仁德鄉、高雄縣田寮鄉、湖內鄉，由台南市及高雄縣茄萣鄉交界處處出海。沿線台南市、台南縣非法熔煉廢鋁業經該署九十年六月間強力稽查及強制拆除後，污染源已大為減輕。至十一月針對二仁溪非法業者加強稽查共計四七三廠次，該地區廢鋁熔煉業者均已停工，且已遷至合法工業區作業，實際已收強力遏阻之效。復於九十一年六月二十八日再針對高雄縣九家違法工廠辦理強制拆除，該等工廠位於二仁溪上游集水區及阿公店溪、典寶溪流域內，其製程產生之廢棄物、廢水未經妥善處理逕行棄置或排放，已嚴重污染地面水體，破壞當地環境品質。
（九） 典寶溪：高雄縣典寶溪河川呈現紅褐色，尤其以支流大寮排水及典寶溪友情橋以下之河段水色最為明顯，造成典寶溪流域河水泛紅問題，係因工廠偷排含鐵、鋅廢水及廢酸等。該署針對此流域燕巢、橋頭、梓官一帶之金屬表面處理業、電鍍業及金屬基本工業等工廠進行強力稽查，截至十一月共計稽查七十八廠次，告發處分三十三件。
（十） 鳳山溪：鳳山溪多年來由於事業不法排放廢水而造成嚴重污染問題，主要污染源為皮革業，電鍍業、金屬表面處理業。該署除了經費補助高雄縣政府清疏鳳山溪污染底泥，以改善鄰近前鎮河五甲地區河段惡臭現象外，並針對重大污染事業進行強力稽查，截至十一月共計稽查八十九廠次，告發處分三十一件，違章工廠拆除一家。
（十一） 高屏溪：高屏溪供應大高雄地區二百餘萬人口飲用水，過去畜牧廢水為主要污染源。九十年間經該署執行「水源保護區養豬戶（場）依法拆除補償工作計畫」後， 高屏溪大樹攔河堰以上集水區豬隻在養頭數由八十九年十一月約四十八萬頭，截至目前列管在養頭數已降至一三七六頭，攔河堰上游水源水質氨氮檢驗結果，大多已達乙類水體水質標準（0.3mg/L），水質明顯改善，並達九十二年飲用水水源水質標準。
該署表示在稽查過程，部分業者對環保稽查人員鍥而不捨的多次稽查多所埋怨，反應激烈，不但現場態度惡劣，以電話請求地方民意代表關心，並以擾民、官僚、無故侵入民宅、誣蔑陳情或檢舉等等，環保稽查人員雖不勝其擾，惟為了貫徹執法決心為乾淨之河川生態把關，只有勇於任事，忍辱負重。