針對南投縣草屯掩埋場垃圾堆置及縣內垃圾處理問題，環保署表示除將持續給予協助外，也請南投縣政府充分運用縣內既有掩埋場空間，並加速建置自主處理設施。
環保署表示，垃圾處理依廢棄物清理法第5條規定屬地方環保局權責，環保署多年來協助南投縣將垃圾調度到有焚化廠縣市處理，近三年環保署補助南投縣政府總計達2.1億元辦理垃圾轉運、打包篩分及掩埋場改善等工作。另外配合水利署鳥嘴潭人工湖工程也向行政院爭取3億元經費，辦理草屯掩埋場垃圾移除作業。
環保署表示，去年已補助南投縣辦理垃圾篩分打包4萬噸，將高熱值的垃圾篩出，以備將來可以做為輔助燃料用途，減少對焚化廠的倚賴。近期也再將補助縣府1,000萬元，針對堆置垃圾的掩埋場做好整理整頓工作，以避免影響周遭環境。
環保署表示，南投縣轄內掩埋場其實還有容量，南投縣應充分運用。另縣府規劃籌設綠能中心計畫或縣長對外表示將興建熱處理設施，請加速設置，環保署會給予必要之協助。
環保署最後強調，南投縣垃圾問題，中央歷年已提供相當多的協助，長期而言，地方政府應加速籌建自主的處理設施，同時加強民眾宣導，落實資源回收垃圾減量，減少垃圾處理負擔。