環保署針對中央研究院所提「國家生技研究園區開發計畫環境影響說明書」，於100年5月20日召開專案小組第3次初審會議，歷經3小時審查，初審專案小組獲致共識「建議有條件通過環境影響評估」，後續中央研究院應就「研析當地砷偏高原因」、「提出生態研究區營運管理計畫」等初審意見補充資料，送與會委員及專家學者確認後，提至環保署環境影響評估審查委員會討論，以作成最後的審查結論。
本案環評初審小組秉持著環保專業學識及已調查確認的科學事實證據，再把民眾團體的種種擔心納入考量，除中央研究院已承諾事項外，具體建議了9項條件如下，作為本開發案依環評法必須履行的負擔：
一、應協調國防部完成火工區搬遷後始得施工。
二、應於營運前提出生技研發產業污水下水道納管標準及篩檢、檢測計畫送主管機關審查。
三、應訂定交通之管理計畫及環境保護對策，以減輕當地之交通衝擊及空氣品質影響。
四、區內建築物應至少取得5項指標之銀級綠建築標章。
五、園區所規劃人工溼地復育區、生態保留區應取得環境教育設施、場所之認證，並提供民眾作為環境教育之用。
六、區內所規劃恢復古三重埔埤之舊貌，應持續維持濕地生態及滯洪調節功能。
七、應依據所提之生態保育及復育計畫，持續維護生態環境品質，全區營運後之環境監測應執行6年以上，所得成果，亦應公布於網站。
八、開發單位應設置本案環境保護監督委員會，委員總數不得少於15位，且ㄧ定比例之委員須由當地居民及民間保育團體推薦之代表擔任。監督委員會之運作，至少應於計畫施工前至全區營運6年後，每季監督環境影響說明書及審查結論之執行情形。
九、本環境影響說明書定稿經環保署備查後始得動工。