二仁溪愈來愈有生命。過去二仁溪中的舢筏底部是光溜的，現在附著了藤壺與各種貝類；過去二仁溪因污染少有魚類生長，現在記錄到了30種魚類，24種蝦蟹類，還有浮游動植物及附著藻類。環保署說，走一趟二仁溪河口會有魚兒跳出水面打招呼，還可以看到白鷺鷥及各種鳥類棲息河岸，招潮蟹及彈塗魚岸邊爬跳。
二仁溪早期受廢五金熔煉污染，不肖業者棄埋廢棄電路板與廢棄物於兩岸灘地，環保署95年間補助清除南萣橋上游及圍仔內區域4,849公噸廢電路板與廢棄物。清除後，協助民間在該地復育認養維護白砂崙濕地，復育不少的招潮蟹與彈塗魚。
為二仁溪再生，環保署與經濟部水利署、工業局、內政部營建署、農委會及臺南市政府與高雄市政府組成二仁溪污染整治小組並定期召開再生願景聯繫會報，自94年至今共召開26次會議，滾動檢討整治措施並協調推動污水下水道系統興建。
二仁溪污水下水道系統已推動仁德系統、虎尾寮系統及永康系統。仁德水資源回收中心每日設計處理1萬5,500公噸，已完工試車並完成部分主幹管。虎尾寮系統已每日處理1萬0,500公噸污水，其中並利用該廠餘裕量截流處理三爺溪水每日8,000公噸，為精進二仁溪水質，環保署並與內政部營建署成立協調平台，定期討論優先推動污水下水道區域，以削減排入河系的污染。
在污水下水道未達區域，環保署投入補助新臺幣2億5,144萬元施設「仁德排水生態礫間淨化設施」每日處理1萬公噸仁德排水、「萬代橋生態礫間淨化設施」每日處理1萬公噸萬代橋下箱涵排水及「港尾溝溪滯洪池水質淨化設施」每日處理1萬3,000公噸保安排水，3項現地處理設施增加了每日3萬3,000公噸的污水處理量，連同虎尾寮截流，相當削減20萬人的污水量。
環保署說，為減少二仁溪的污染，該署104年核定補助於二仁溪大甲、二行社區完成一處人工濕地，預計105年完工加入去除污染行列，在多項設施的運轉下，期能進一步降低二仁溪的污染。
環保署又說，除了公部門的努力外，多年來二仁溪河川巡守隊亦積極投入河川整治工作，目前有22隊471人在河川保育上的辛苦付出。如長榮大學協助整合南部縣市民間巡守，推動河川保育及環境教育；臺南市社區大學積極投入環境保護及通報，有效守護大臺南河川環境；臺南市二行里及大潭社區等河川巡守隊守護二仁溪，落實在地人關心在地事；高雄市茄萣區舢筏協會巡守污染嚴重的二仁溪下游，成為全國以船隻巡守河川的守護先趨，皆為國內河川巡守隊優良義工的典範。
二仁溪的嚴重污染長度比率已自92年的100%，降到104年(1-10月)的14.2%，顯現了初步整治成效，也開創二仁溪沿岸活化新風貌。