有關彰化環保聯盟向環保署要求，應即依「環境影響評估法」第14條及第22條規定，命行政院國家科學委員會中部科學工業園區管理局立即停工乙節，環保署再次重申，經該署之前邀集相關部會研商之結論，本案並不適用「環境影響評估法」第14條及第22條規定，而應由許可核定機關（國科會、中科管理局、營建署等單位）依行政程序法規定，於2年內依職權為全部或一部之撤銷、另定失其效力之日期，或不撤銷。
另最高行政法院於98年12月31日就民眾聲請中科三期七星農場強制停止執行案裁定所述：「縱認該開發案環評審查有瑕疵而經臺北高等行政法院將原處分取消，亦難認該處分已對於當地生態環境有立即重大污染情事，亦無時間緊迫性，故駁回聲請。」依據上開裁定，法院亦認相關工程尚無立即停工必要。
依國科會99年2月5日之新聞回應，國科會已表示本案暫不會撤銷許可及要求停工。環保署說明，依據中部科學工業園區管理局委託台灣大學職業醫學與工業衛生研究院詹長權及吳焜裕博士之團隊，進行中科七星農場健康風險評估，其致癌風險為2.13×10-7，依美國環保署標準，屬於可接受之風險。環保署已經請開發單位補充資料，如果後續的審查結果顯示該研究團隊所作的風險評估有誤，且確認對國民健康有長期不利影響，環保署將請國科會依行政程序法撤銷中科管理局的開發許可。
本案95年7月31日公告之審查結論經臺北高等行政法院撤銷、最高行政法院駁回上訴後，已失其效力，該署已依判決意旨依法行政，請開發單位於原環境影響說明書內加入環境品質及現況、健康風險評估及其他說明資料，再提該署環評委員會審議，該報告的如果後續環保署對健康風險評估的審查結果確認對當地居民有長期不利影響，在維護國民健康之公益重要性顯大於廠商信賴利益之情形下，環保署將請國科會依行政程序法撤銷中科管理局的開發許可。
中科三期七星農場案經最高行政法院99年1月21日判決該署上訴駁回後，因本案屬環評審查結論被確定撤銷之首例，無前例可資參考，故該署於99年1月28日邀請相關部會研商，經徵詢與會學者專家及法務部意見獲致共識，認為本案環境影響說明書已完成審查，事後由行政法院判決撤銷，其與環境影響評估法第14條及第22條立法原旨及法條文義所稱「自始未經完成審查」情形不同，不構成環境影響評估法第14條第1項所稱「目的事業主管機關於環境影響說明書未經完成審查或評估書未經認可前，不得為開發行為之許可，其經許可者，無效。」之情形，自亦無該法第22條所定開發單位違反第14條之處罰及「並由主管機關轉請目的事業主管機關，命其停止實施開發行為」情形；中科三期七星農場案原已完成環評審查程序，故未適用上開2條條文規範，原開發許可不當然無效。
依法務部對於原開發許可效力問題之意見，亦認為環境影響評估與開發許可行為，性質上為多階段程序，行政法院之認定並非因為環評審查不應通過，而係判斷原環評審查過程中有資訊蒐集之瑕疵，此瑕疵得經由補送所須資料後加強彌補，從而原開發許可行為尚非因判決而隨之即當然失其效力。
彰化環保聯盟要求本開發案停工部分，環保署表示並無法依環境影響評估法第22條規定命開發單位停止實施開發行為，依環評法第1條規定：「……。本法未規定者，適用其他有關法令之規定。」故本案後續對許可及處理，應依行政程序法規定，由許可核定機關（國科會、中科管理局、營建署等單位）基於健康風險初步評估結果、經濟發展、廠商權益及促進就業等整體公益之衡量，衡酌其行政處分是否失其效力。依國科會99年2月5日之新聞回應，國科會已表示本案在健康風險評估確認前，不會撤銷許可及要求停工。
至於彰化環保聯盟稱「連老成持重的法官都看不下去了，宣布中科三期的施工有汙染環境、危害子孫之虞」，環保署駁斥並非事實，依最高行政法院於98年12月31日就民眾聲請中科三期七星農場強制停止執行案裁定所述：「縱認該開發案環評審查有瑕疵而經臺北高等行政法院將原處分取消，亦難認該處分已對於當地生態環境有立即重大污染情事，亦無時間緊迫性，故駁回聲請。」依據上開裁定，法院亦認相關工程尚無立即停工必要。
環保署表示對中科三期七星農場案已一再說明澄清並依法行政，但彰化環保聯盟仍抹黑該署為「連法院都管不動的黑機關」，環保署嚴正駁斥，本案95年7月31日公告之審查結論經臺北高等行政法院撤銷、最高行政法院駁回上訴後，已失其效力，該署已完全尊重法院判決，依判決意旨依法行政，請開發單位於原環境影響說明書內加入環境品質及現況、健康風險評估及其他說明資料，再提該署環評委員會審議。