環保署補助雲林縣政府建置新虎尾溪崙背排水水質淨化工程，位在崙背排水與新虎尾溪交界口，設計每日處理排水水量5,500公噸，去除有機污染物（生化需氧量）達70％以上，係以處理生活污染排水、改善新虎尾溪水質為主，並非為處理畜牧廢水而設計。
畜牧廢水之處理，畜牧業者仍應善盡社會企業責任，妥善處理至符合放流水標準始得排放。針對未處理廢水繞流排放之行為，環保單位依水污染防治法規定嚴格取締，最高處分新臺幣2000萬元；不符合放流水標準排放，最高亦可處分60萬元。另依水污染防治法第11條規定，預定自106年1月起開始徵收畜牧業水污染防治費。屆時排放污染量越高之畜牧業者，將繳交更高額之水污染防治費。
目前國際環保趨勢對畜牧糞尿透過厭氧消化後，產生沼渣沼液，作為農地肥分使用，產生沼氣用來發電，資源化利用。本署修正發布「水污染防治措施及檢測申報管理辦法」，擬訂畜牧糞尿厭氧發酵後作為農地肥分使用之專章規定，畜牧業者提出沼渣沼液作為農地肥分使用計畫，經農政機關審查通過，將畜牧糞尿厭氧消化後作為農地肥分使用，不排放地面水體，此部分還可以不用繳水污費。
為資源化利用畜牧糞尿不排放河川水體，使河川水不發臭，本署補助地方政府協助畜牧業者檢測沼渣沼液、土壤及地下水成分，協助撰寫沼渣沼液作為農地肥分使用申請書。同時，經濟部能源局提供厭氧發酵沼氣發電躉購費率機制，提供誘因促使畜牧業者將畜牧糞尿厭氧發酵後產生之沼氣作為發電之用，此部分目前台電每度電收購價格是３.92元，近期內經濟部能源局就有可能調高至５元；農委會提供低利貸款輔導畜牧業者改善厭氧發酵設施；本署亦將加強宣導沼渣沼液農地肥分使用，使更多畜牧業者瞭解畜牧糞尿厭氧發酵沼氣沼液沼渣之利用，達成循環經濟之環境目的。因此，如果畜牧業照上述方式儘快提出申請肥分使用計畫，不僅可以減少廢水處理曝氣的電費，更可不用負擔申請肥分計畫的檢測費用，同時農委會提供低利貸款改善設備，經濟部及台電還會收購沼氣所發的電，真是一舉數得，請畜牧業的鄉親儘快申請，不要再等了。
此外，本署已請雲林縣政府加強清除崙背排水現地處理設施截流口污物之清理，避免累積發臭，並加強稽查畜牧廢水之繞流排放行為，以不浪費崙背排水水質淨化設施設置之美意。