環保署張署長國龍、水利署陳署長伸賢、高雄縣楊縣長秋興、台南縣蘇縣長煥智及台南市許市長添財94年11月14日齊聚在二仁溪支流三爺溪永寧橋旁，聯袂出席二仁溪再生願景宣示大會，共同簽署二仁溪再生願景宣示約定書，共同努力完成以下目標：
一、民國94-97年：
守望相助杜絕污染，三爺溪、深坑仔溪嚴重污染河段改善為中度污染河段。
二、民國98年：
河岸面清潔無垃圾，可舉辦划船大賽。
三、民國98-110年：
配合下水道建設及污染管制，二仁溪改善為中度污染河段，並開創親水空間。
四、民國110年：
水質清澈魚兒重現，恢復河川生態。
環保署表示，二仁溪20年前因廢五金酸洗造成綠牡蠣事件，10年前再因鋁熔煉業污染，嚴重影響附近環境空氣品質及河川水質。在環保署、高雄縣、台南縣、台南市政府及環保志工通力合作之下，執行違章熔煉業拆除、水質淨化設施工程、事業稽查管制、河岸河面垃圾清除及巡守隊巡守河川等工作，已明顯改善原來的重金屬污染。民國90年起在相關單位持續努力整治下，二仁溪嚴重污染河段已從整治初期民國91年的100%，降至民國93年的45.9%。
雖然水質已略有改善，但各界對二仁溪有更高的期許，因此行政院環境保護署、行政院農業委員會、經濟部水利署及第六河川局、經濟部工業局、內政部營建署、高雄縣政府、台南縣政府及台南市政府等相關單位凝聚共識，通力合作，承諾積極進行下列各項措施，以達成上述目標，並依各項措施執行狀況，進行檢討及修正。
環保署表示，未來重點工作仍以高雄縣政府、台南縣政府及台南市政府辦理二仁溪各項整治工作為主軸，水利署將配合完成三爺溪匯流口至縱貫鐵路橋共約13公里兩側堤防興建；經濟部工業局成立「二仁溪流域工業廢水處理技術輔導小組」，輔導流域內事業進行污染改善工作；行政院農業委員會將輔導畜牧業者提升廢污水操作及處理技術，並持續進行二仁溪上游河段水土保持工作；內政部營建署則協助完成歸仁、仁德污水下水道第一期系統興建。
環保署說明，為掌握各項措施執行狀況進度，並適時檢討及修正，將成立二仁溪污染整治小組，並每季召開聯合協調會議，公布污染整治進度及成果，以達成「水質清澈魚兒重現」、「守望相助杜絕污染」、「河岸面清潔無垃圾」、「開創親水空間」四大願景，讓民眾看見二仁溪新風貌。