為減輕養豬廢水對河川水質之影響，環保署於本(97)年度持續與雲林縣環保局聯手再鎖定馬公厝大排沿岸畜牧業及其他事業單位進行全面稽查。統計97年1至5月底，共有15家業者遭環保單位告發。
環保署表示，政府為體恤畜牧業及減輕弱勢農民的負擔，已於96年12月修法將畜牧業違反放流水標準罰鍰額度自處新台幣3萬至60萬元調降為6千至12萬元，但仍有部分畜牧業者輕忽漠視，未妥善操作廢水設施，甚或不處理逕行排放廢水。環保署為改善及維護河川水質，仍持續鎖定污染源，訂定稽查管制計畫列管該大排沿岸132家業者，不定期加強稽查取締工作。該署與雲林縣環保局自97年1月起至97年5月止共稽查212家次養豬業者，查獲15家違反環保法令，其中針對違反水污染防治法告發14件及廢棄物清理法告發2件，有效嚇阻重大污染事件發生。
近期環保署與雲林縣環保局將再聯手鎖定新虎尾溪及北港溪沿岸事業進行全面稽查取締污染。環保署同時也呼籲民眾，如發現違法情事，請勇於檢舉，立即向該署提供線索，並可隨時利用環保署免付費公害陳情專線：0800- 066666通報，以便即時派員取締，有效遏阻污染。