環保署表示，為因應莫拉克颱風災後重建需要及預防未來之災害再度發生，署長沈世宏已指示結合中南部學者專家組成一個團隊，協助災民與政府處理後續環境復育及規劃事項，該團隊將作為災民與政府之橋樑，以及重建工作之後盾。
環保署副署長邱文彥並已於昨(20)日在國立高雄大學向二十多位環保專家學者報告災情及目前救災狀況，並整合以中南部為主之大學院校組成「88災區重建與環境輔導團隊」，該團隊由台大蔣本基教授、張長義教授、成大李文智教授、中山高志明教授等共同召集，高雄大學校長黃英忠也參與該項討論。邱文彥表示莫拉克颱風帶來的豪雨為數百年罕見，極有必要將各種環境資料作有系統的調查、記錄、彙整、分析，以做為後續各項環境清理、災害防治及國土規劃評估之參考依據，期能復育國土，減少或避免災害再度發生。
莫拉克颱風所帶來的廢棄物清理及消毒工作，目前已完成百分之九十以上，除道路未通地區無法清理外，屏東縣佳冬鄉、林邊鄉等少數尚有積水村落正由環保單位及國軍弟兄協助清理。後續為因應災後重建及環境復育等工作，環保署已成功整合全國十四所大學院校十六系所的二十多位學者專家及二十家環境檢測機構，組成該-「88災區重建與環境輔導團隊」，將在最短時間內，針對災區的空氣品質、臭味、水質之現況變化與影響進行資料收集與分析，並協助災民進行環境復育、災區重建，以及作為未來國土規劃之重要依據。
該團隊將分成屏東縣及台東縣、高雄縣市、台南縣市、雲嘉投等四個區域，及環境調查、災情監控、復育規劃、宣導聯繫、人文社經等五工作組，團隊成員將深入災區，現地調查環境變異、災民需求，並分析比對衛星照片，充分運用地理資訊系統(GIS)向政府提出建言。
環保署指出，有關環境調查之項目包含水文、水質、空氣、臭味及廢棄物等，將儘速進行：
1.歷史資料收集彙整：收集各部會、機關團體之歷年相關研究報告、監測、測繪及航照資料。
2.水文調查：包含流域河道現況、流況、流量、水深、漫淹區域範圍等。
3.水質監測：包含災區與安置區域周界水體水質、飲用水（或臨時供水設施）水質。
4.空氣監測：包含周界空氣品質、室內空氣品質及臭味之監測。
5.土壤及地下水監測：土壤組成、質地等基本特性調查，並由現有水井中分析地下水水質。
6.廢棄物調查：包含廢棄物種類調查、處理及處置區環境監測等。
參與這項工作之教授們均本著人溺己溺的精神，出錢出力，二十多家民間檢測機構不僅志願參與和免費進行環境採樣及分析，並捐出二十多萬元協助這項工作。
環保署表示，這些調查成果將對於國土防災和災區重建極有價值，亦可供全國各界來使用。中南部環工、地理、人文、社經學界也希望藉由此計畫的執行，跳脫政治口水，以務實的行動，群策群力為災民與地方重建工作注入一股溫暖的力量。