卡玫基颱風來襲，帶來豐沛雨量，部分地區有淹水情形，各級環保單位均於第一時間成立環境災害應變中心，以即時掌控訊息清理環境，目前各級環保機關及鄉鎮市區清潔隊亦已展開環境清理及消毒工作。
環保署已緊急通知全國各縣(市)環保單位啟動互相支援機制，務必在週日(二十日)午夜前協助相關管理單位清理主要街道環境，讓下週一(二十一日)上班的民眾有乾淨的環境。環保署也提醒民眾利用週末一起來清理居家周圍環境，避免孳生蚊蟲，引發疫情流行。
環保署說，颱風所帶來的大量降雨，易造成環境積水，居家環境潛在的登革熱病媒蚊孳生處所應積極清理。該署呼籲民眾應主動巡察加強檢視居家周圍環境，一發現有積水場所及容器，即予以清除，以避免引發疫病流行。
大雨過後登革熱病媒蚊容易孳生場所有：特別是泡水的家具、廢棄的車輛、地下室、施工工地、凹褶的活動雨(車)棚、帆布、破損之澤西紐護欄、窪地、樹洞、廢輪胎、廢棄之飲料杯(瓶、罐)、塑膠袋、未加蓋之地下室集水陰溝或水塔人工水池、竹桶、承接雨水備用之未封蓋塑膠製容器、盆栽內及承接澆花水之花盆底盤、花圃菜園內未加蓋之容器置、放於戶外之營建手推車、空調冷氣水塔、承接冷氣水之水桶或容器等。