行政院環保署公布九十三年六至七月飲用水水質抽驗結果，自來水供水水樣合格率為九十九.○九％。
環保署表示，各級環保機關六至七月共抽驗自來水水樣二、三○四件，不合格二十一件，不合格項目包括氨氮(五件)、總溶解固體量(三件)、氯鹽(二件)、錳(五件)、自由有效餘氯(三件)、總三鹵甲烷(一件)、總菌落數(六件)、濁度(四件)及色度(二件)。以地區分析金門縣抽驗不合格件數最多占十二件，其次為新竹市五件。
環保署說，六至七月抽驗出水質不合格的縣市為金門縣（總三鹵甲烷、錳、氯鹽、氨氮、總溶解固體量、色度）、台東縣（濁度）、新竹市（總菌落數）及桃園縣（總菌落數、氨氮）等四個縣市；其餘縣(市)合格率皆達百分之百。
台東縣、新竹市及桃園縣環保局已要求自來水公司改善，經環保機關後續抽驗，並符合標準；另金門縣仍持續追蹤監測。目前自來水水質大都在標準範圍之內，以危害人體健康的風險來看，安全性應無虞。其中不合格件數較多的金門縣榮湖淨水場，環保署已核定該處淨水場提出的飲用水水源水質改善計畫書，其改善措施包括：增加水量開發、興建榮湖污水下水道以及榮湖污水截流系統、改善期間加強水質監測、加強集水區巡查工作及加強淨水場操作維護管理等，該署將督導金門自來水廠確實依核定期程改善水質。環保署指出，六月份金門縣的總三鹵甲烷未符合飲用水水質標準部分，該署已請環保局加強持續追蹤監測，並請金門縣自來水廠儘速改善。
環保署強調，提供安全、高品質的飲用水是民眾日常生活關切事項，也是政府施政的重點。目前台灣地區自來水普及率已達百分之九十以上，該署為確保民眾飲用水的安全，將持續加強自來水水質的監測。環保單位對於檢驗結果未符合飲用水水質標準者，除依法處分外，並均通知供水單位限期改善完成，以有效督促自來水事業單位加強水質的監控及提升淨水處理技術。另自來水送到民眾家戶前都能合乎飲用之水質標準，環保署呼籲民眾應定期（半年一次，如遇颱風淹水過後亦需清洗一次）清潔維護蓄水池及水塔，且飲用自來水宜經過煮沸後再喝，以確保飲用安全。