行政院為徹底解決全部封閉及停止使用之河川行水區內鄉鎮市垃圾棄置場問題，以八十七年十一月十七日台八七環五六四三三號函核定﹁河川行水區內鄉鎮市垃圾棄置場處置計畫﹂，分由環保署、經濟部水利署編列預算專案補助縣︵市︶政府執行。本計畫計執行五十一處河川行水區內垃圾場之清除處置及復育，由環保署及經濟部水利署邀請專家學者共同組成技術督導小組現勘後，依垃圾棄置場影響防洪程度，及是否位於水質水量保護區，擬定優先順序及處置方式，自民國八十九年度起開始進行遷移，預計民國九十二年十二月底前完成。
為有效執行河川行水區內鄉鎮市垃圾棄置場處置，乃考量依法令管理層面、技術可行性、環境公害及經濟效益等因素，訂定處置原則如下：如現場不致立即影響河防與環境，且現場已與當地環境景觀相結合，則暫可不處理；如現場不致妨害河川行水，則進行復育綠美化或高灘地整平；如妨害河川水流程度較輕者予以部分移除，再進行高灘地整平；如妨害河川水流程度較嚴重者予以全數移除。有關中央與地方權責單位之處置分工，除由環保署主辦全數移除六處、復育綠美化十四處，經濟部水利署主辦部分移除二十處外，另場址與當地景觀相結合暫可不處理計十一處則由各縣市環境保護局負責並嚴加管制；同時中央成立﹁河川行水區垃圾棄置場處置技術督導小組﹂，分由環保署及經濟部水利署輪流召開會議，辦理相關技術督導及協調工作；地方政府則辦理處置計畫工程規劃、設計及發包作業。本計畫有關環保署主辦六處全數移除之腐植土量計約二三○萬立方公尺，核定經費約一五‧○六三八億元︵其中中央負擔百分之八十、地方自籌百分之二十︶。
據環保署資料顯示，截至本年度十月，全數移除六處計完工二處（苗栗縣頭份鎮、高雄縣岡山鎮）、施工中一處（嘉義市）、停工中一處（桃園縣蘆竹鄉）、公告招標作業一處（台北縣蘆洲市）及設計中一處（雲林縣斗六市）。另復育綠美化計十四處，其中完工七處（臺北縣八里鄉、臺中縣石岡鄉、東勢鎮、新社鄉、和平鄉、南投縣中寮鄉、草屯鎮）、現況植被良好達復育綠美化者六處（臺中縣大里市、彰化縣竹塘鄉、雲林縣莿桐鄉、高雄縣杉林鄉、屏東縣新園鄉、東港鎮）及規劃中一處（雲林縣林內鄉）。
本計畫執行截至九十一年度可完成全數移除三處，共移除一三五萬立方公尺，並完成復育綠美化計十三處，面積約一七‧二六一公頃。環保署表示，仍將積極推動河川行水區內鄉鎮市垃圾棄置場處置計畫，並希望透過本計畫之執行能達到預期效益，除恢復河川水道排洪斷面確保河防安全，以減少洪災威脅，保障居民生命財產安全外；並能避免河川沿岸垃圾棄置場滲出水污染水體，減少河面漂浮垃圾，以改善河川水體水質，提昇水體用途，進而改善沿岸環境品質提高土地利用價值。