為讓養豬業依照農委會輔導設置的三段式廢水處理設備妥善操作處理廢水，92年11月間環保署與農委會已將放流水標準管制之COD項目由原來的250ml/L放寬至600ml/L，經過一年半來該署稽查人員的追蹤稽查，以中部地區養豬大縣──雲林縣為例，在稽查335案件中，有30件違反水污染防治法規定遭告發處分，不合格率已由12%降至8.9%左右，最近為了管制病死豬流向，該署環境督察總隊中區環境督察大隊將擴大稽查，提醒畜牧業應加強污染防治工作，以免受罰。
雲林縣堪稱養豬大縣，目前飼養頭數約1,419,650頭，僅次於屏東縣，如以密度計算則每平方公里高達1,100頭數，則躍居全國第一，而豬隻未適當處理之污染量為人之4至6倍，相當於該縣人口9倍多所產生之污染。環保署表示，為了督促畜牧業者能妥善操作廢水污染防治設備，防杜污染案件發生，中區大隊均不定期安排稽查人員到該縣境稽查，統計近一年半來稽查結果，已有30家養豬場收到至少6萬元以上不等的罰款處分，此外，最近環保警察隊第二中隊也在雲林縣境查獲了1件非法處理病死豬的案件，為了持續督促畜牧業者能妥善處理廢水及病死豬問題，將再加強稽查取締的工作，呼籲業者配合環保政策，以杜防污染事件發生。
環保署表示，水污染防治法規定養豬業之放流水管制標準COD項目不得超過600 ml/L，相較其他業別已算寬鬆，呼籲養豬業者基於環境及河川清淨的共同認知，好好操作廢水處理設備，另倘有任意將病死豬棄置於場外，或未將「再利用」情形作成紀錄者，則屬違反廢棄物清理法規定，可處新臺幣6千元以上3萬元以下罰鍰，再限期改善，如限期屆滿未能完成改善者，並將受按日連罰處分，該大隊為維護環保品質，將持續針對畜牧業加強稽查管制工作。