環保署鑑於以往業者申請廢氣、廢水、廢棄物、毒化物等污染物的排放許可證方式不一，有採書面填報送審，也有採網路申報列印送審，造成業者需重複填寫相同資料的困擾，且審查機關不同，又因各自有電腦資料庫，以致空、水、廢、毒部分，業者填寫的基本資料內容不盡相同，而且格式又不同，故無法進行整合。另因彼此間無關聯性可勾稽比對，易造成管制上的漏洞，因此，該署從今(95)年起著手進行空、水、廢、毒申報網站的整合，期於今年底先讓業者經由該單一入口網站，即可查詢其共同基線資料，以便進行營運管理，並於明年(96)底經由該整合資料庫網站自動產出空、水、廢、毒相關許可證資料，屆時將不需業者重填，即可全面以網路申請許可證及申報排放值，以簡政便民，並可有效追蹤管制污染源，減少污染事件發生。
環保署指出，此次整合將同時整併業者實際申報的廢氣、廢水、廢棄物、毒化物排放資料至同一申報資訊管理系統(EPS) (Environment Permit System環保許可申報系統)。屆時事業除可節省重複填報基線資料之時間外，也可查詢其整廠業經許可的製程質量平衡圖、使用之原物料量、產品產量及廢氣、廢水、廢棄物、毒化物的排出量，將有助於廠內運作與妥善管理污染物。而環保主管機關亦可經由該申報資訊管理系統(EPS)，查詢事業填報的製程質量平衡圖中空、水、廢、毒污染物產出的關聯性，及實際申報運作的廢氣、廢水、廢棄物、毒化物等排放資料，與其各項許可證進行勾稽比對，如有異常者，可到現場稽查告發處分，將可更有效嚇阻業者違法處理污染物。
環保署強調，許可制度是環保管制策略裏最重要的“預防污染”手段，以事前審查核發排放許可證的方式，規範污染源於新廠設置或製程操作、行為運作及依法定期其排放或檢測申報時，均能符合各項環保法令之規定。該署自81年底推動至今，經多次檢討修正，已見成效；然為達簡政便民、提高行政效率及改善污染，將進行檢討整合。而許可證依照管制目的，可以分成排放許可類、登記備查類及機構管理類三大類別，在此次整合作業中，將優先針對17類排放許可類(如固定污染源設置、操作許可、事業水污染防治措施計畫、事業廢棄物清理計畫書、毒性化學物質製造、輸入許可‧‧‧等)進行整合。期望在最小的修法變動幅度之前提下，能達到最大之簡政便民效益，至於其他空、水、廢、毒專用的許可資料亦將逐年進行整併。
環保署表示，為能於明年底完全以網路申請許可證及進行排放值申報，該署已積極邀請業界、地方環保局、審查機關及各部會進行座談，期能取得各方意見及獲共識後，整合成最便民及易管理之申報資訊管理系統，及以單一窗口完成許可證申請、排放申報為終極目標。