環保署為解決養豬廢水長期污染水源區飲用水水源問題，擇定五大流域中、上游地區(高屏溪、曾文溪、頭前溪、淡水河、大甲溪)為執行範圍，於89年底執行五大流域水源區養豬戶拆除補償工作， 6年來環保單位查核工作未放鬆，水源保護區內4千多家拆除戶尚無發現復養情形，有效保障水源水質之潔淨。
環保署表示，為落實水源保護區養豬拆除戶查核工作，環保單位已採行電腦建檔列管，透過GPS定位、現場拍照存證、查核結果登錄等方式執行，完整建立查核資料，以防遺漏，經由該署及縣市環保局全面而持續的查核，至96年8月底止計查核 35,883次，有效防止已拆除養豬戶復養並減少水源污染。目前養豬拆除戶之土地利用情形，全拆戶部分主要為種植作物（種稻、苗圃、果園）、空地等，半拆戶部分主要為倉庫用途等使用。
環保署表示，五大流域拆除補償範圍為高屏溪大樹攔河堰、曾文溪備用淨水場、頭前溪湳雅取水口、淡水河支流基隆河六堵取水口及大漢溪鳶山堰、大甲溪石岡壩以上集水區之養豬戶。其中高屏溪居首佔總拆除養豬戶83.4%，多集中在高雄縣美濃鎮及屏東縣高樹鄉，檢視高屏溪水質改善成效依據大樹攔河堰測站氨氮測值顯示，已由89年的0.6毫克/公升降至今（96）年的0.2毫克/公升左右，符合飲用水水源水質標準，保障大高雄地區民眾飲用水水源品質。
環保署呼籲，上述五大流域水源保護區已列為稽查重點，將持續訪查已拆除養豬戶，防止重新畜養等不法行為發生，以維護水源水質之潔淨。