環保署於95年12月14日公告修正「有害事業廢棄物認定標準」及「事業廢棄物貯存清除處理方法及設施標準」二項規定，同時給予一年的改善緩衝期限，改善期限將於96年12月13日到期，環保署提醒醫療院所，應儘速配合修正條文內容進行改善，以免受罰。
環保署表示，去(95)年修正的「有害事業廢棄物認定標準」，將原本感染性事業廢棄物重新定義為生物醫療廢棄物，依照新的定義，危害特性不同的廢尖銳器具及感染性廢棄物被區分為二類，另外新增基因毒性廢棄物類別，一起納入管理。環保署同時配套修正「事業廢棄物貯存清除處理方法及設施標準」，依照不同種類生物醫療廢棄物的特性，分別規定應遵守的標示、貯存、清除及處理方法與標準。
另外，環保署於96年5月11日公告修正「區別有害事業廢棄物特性標誌」，其中生物醫療廢棄物的標誌，參考國際間有害物質越境運輸的標示規定加以修正，新的標誌統一採菱形圖案並加註中、英文名稱，以確保與國際接軌。然而，部分業者反應以前依照舊標誌套印的感染性專用垃圾袋尚有庫存，無法於96年12月13日期限之前使用完畢，因此希望能寬限繼續使用。針對業界的訴求，環保署同意庫存感染性專用垃圾袋若棄而不用，亦屬浪費，因此已發函通知各地方環保局，延長舊規格的感染性專用垃圾袋使用期限到97年5月10日，但是環保署強調，除了垃圾袋這種消耗品之外，其他廢棄物設施或貯存場所，仍應於96年12月13日之前依照新的標誌辦理標示。
針對相關法規的修正，環保署及衛生署已辦理十多場說明會，加強對醫療院所宣導，為了進一步瞭解醫療院所的因應情形，環保署從9月份起亦委託顧問機構派人前往受列管的小型診所訪查，主動發覺基層面臨的問題，並提供諮詢與輔導。環保署呼籲醫療院所善加利用宣導說明會與輔導訪查等機會，瞭解法規修正內容並儘速因應，如果需進一步諮詢服務，也可以透過電話或環保e言堂網路系統向環保署詢問。