為提供民眾快速便捷之網路陳情服務，環保署多年來積極建立多元化管道，「民意信箱管理系統」係該署設立之網路管理系統，民眾可利用上網舉發環境污染案件，或對各種環保政策、業務提出意見，並可洽詢環境污染案件處理情形（網址：http://ww3.epa.gov.tw/index.html）。
「民意信箱」之信件依陳述內容分由環保署各主管業務單位處理回覆。93年1月至12月份由該署環境督察總隊處理「民意信箱管理系統」之案件總計221件，較前年增加了61件，依案件性質分析，以陳情檢舉案件147件最多、資料索取28件次之、業務洽詢案件21件再次之；陳情案以空氣污染類51件為主、噪音31件次之，「廢棄物類」則由前年之43件減少為17件。
環保署表示，對於陳情留言及個人資料均有嚴謹保密措施，民眾可放心上網表達對環保政策的意見。該署希望透過網路溝通的方式，來了解民意需求，並提昇民眾關心環保施政。
環保署表示，今年是「環境守護行動年」，環境督察總隊及北、中、南區環境督察大隊會秉持一貫依法行政的處理態度，積極主動辦理民意信箱及各類公害陳情交辦案件，守護我們的環境，並歡迎全民善用便捷的網路系統共同監督與維護大家的生活環境。
除民意信箱外，目前該署亦設有0800－066666免付費陳情專線， 24小時接聽，陳情案件並鍵入電腦列管追蹤。由民意信箱或免付費電話陳情之污染案件，環保署都將督導地方環保局加強查處，直至污染源改善為止。