自環保署確認台塑仁武廠之土壤及地下水已遭受污染後，即密切督導高雄縣政府依相關環保法規積極要求台塑公司仁武廠辦理污染源追查、預防污染擴散及進行改善整治事宜，環保署亦持續提供相關技術輔導與經費協助高雄縣政府妥善處理本案。惟近日仍見高雄縣政府、仁武鄉公所與環保團體針對後續處理之專家參與機制有不同意見。
環保署表示，依據99年4月1日由立法院社會福利及衛生環境委員會召開「高雄台塑仁武廠土壤及地下水污染後續進度」說明會之主席結論，為使本案整治作業進度能確實的控管，並以資訊公開及公眾參與方式確保民眾權益，建議高雄縣政府應成立由爭議各方推薦的專家、學者所組成之專家小組，分別就污染擴散與整治、健康影響及農漁牧影響個別獨立運作，對主管機關執行調查的方法及調查與推論的結果進行客觀專業的審查。
目前高雄縣政府已訂定「高雄縣仁武鄉『台灣塑膠工業股份有限公司仁武廠土壤及地下水污染控制場址』查證小組設置要點」。此查證小組籌組之方式係由環保署、高雄縣政府、高雄縣仁武鄉公所、台塑公司仁武廠、民間環保團體各推薦化工製程、健康風險評估、環境保護方面專家各1至2人，經高雄縣政府核定後組成。且民間環保團體部分，高雄縣政府已遴選中華民國地球環境保護協會及高雄市地球公民協會為本案環保團體代表。
環保署表示，高雄縣政府目前籌組查證小組的方式，將專家與負責行協調與指揮查證作業的查證小組其他人員混合編組，已失去社會福利及衛生環境委員會建議應由爭議各方就土壤及地下水污染擴散與整治、健康影響及農漁影響各專業領域各別推薦專家，另行各自成立獨立運作的專家小組，進行專業審查的理念。恐令參與審查的專家失去專業上獨立客觀審查證小組所進行本案調查與推論結果的環境與公信力。因此，環保署重申，高雄縣政府應按前開立法院社會福利及衛生環境委員會會議結論建議的方式，就土壤及地下水污染擴散與整治、健康影響及農漁影響等三方面分別各自成立專家小組，透過爭議各方推薦的專業領域專家獨立審查調查與推論的結果；而目前高雄縣政府規劃的查證小組功能，應為協調執行行土壤及地下水污染擴散與整治、健康影響及農漁影響方面事實的調查與推論相關的行政事務而設置，則不需由爭議各方推薦的專家參與其中。
另外，由於本案地方主管機關係高雄縣政府，具有執行環保法規之完整權責，故由高雄縣政府、高雄縣仁武鄉公所、台塑公司仁武廠、民間環保團體等參與組成行政協調性質之查證小組，及上述各方推薦專家組成的專家小組審查調查與推論結果，已可使本案具有公眾充分參與及資訊公開的透明運作機制，及專家小組審查的獨立客觀公信力，中央關機關站在行政督導、技術輔導與經費協助本案的立場，尚不需派員參與查證小組，及推薦專家參與專家小組之內部運作。
環保署表示，將儘速行文告知高雄縣政府應至少先成立有關土壤及地下水污染擴散與整治、健康影響二個獨立運作的專家小組；有關農漁牧影響的專家小組得視農政單位提供之調查結果報告後，再行評估是否成立。期待高雄縣政府儘速參照前開立法院社會福利及衛生環境委員會會議結論建議的方式辦理，以利本案順利推動並符合各界的期待。