中油三輕更新環評案，前經環保署召開專案小組4次初審會議，於第4次初審會議結論，建議有條件通過環境影響評估審查。惟環保署將本案初審結果提環境影響評估審查委員會第171次會議討論時，經關心本案之相關團體及當地居民列席陳述意見及環評委員充分討論後，因委員們對於經濟部工業局進行林園地區之健康風險評估計畫、地下水污染影響及污染排放量之減量空間等，仍有不同意見，未能達成共識，最後作成本案退回專案小組召開初審會議之決議。
為改進過去提環評大會前仍有部分議題規定未能達成共識之缺點，環保署已於環境影響評估制度中推動擴大公眾參與及專家代理，於初審會議作業中，視環境影響評估審查需要，就特定環境議題召開專家會議，並請人民團體、目的事業主管機關或開發單位、縣（市）政府或鄉鎮區公所等三方各推薦專家學者代表一至二人參加，與原專案小組進行專業討論之機制，期藉專家間專業對話，凝聚共識，以兼顧環境影響評估審查品質及效率。
針對三輕環評案件，環保署將成立二個專家小組，就當地居民健康風險評估計畫、地下水污染可能影響等召開專家會議，先行釐清有關爭議，以協助環評委員會達成共識，作成決議，此部分環保署將儘速辦理，以縮短環評審查時間。
另國光石化環評案，業經環保署環境影響評估審查委員會第164次會議，決議應進行第二階段環境影響評估，並於97年4月2日公告審查結論，開發單位應儘速依環境影響評估法規定辦理二階環評事宜。