報載「環保署不補助草屯鎮小型焚化爐違約賠償費，草屯鎮公所瀕臨破產」。環保署今天鄭重澄清，草屯鎮小型焚化爐興建營運案之所以衍生賠償問題，主因在於鎮公所恣意簽訂超過環保署補助年限的合約，責任在於鎮公所本身，草屯鎮公所所指因環保署停建大型焚化廠後突然取消補助計畫的說法，完全與事實不符。
草屯鎮小型焚化爐興建計畫是依據86年行院核定的「過渡時期緊急垃圾處理計畫」，同意補助草屯鎮設置BOO小型焚化爐(100噸／日以下)，計畫中清楚明訂由中央分4年編列經費補助地方，且建設費應由公民營機構先行籌措，建廠完成營運後，由主辨機關在營運期間分4年支付。
環保署表示，但草屯鎮公所89年10月完成的BOT小型焚化廠招標，卻恣意訂定二階段共7年的合約，超過環保署補助年限，這才衍生後續賠償問題，環保署92年起已4度行文草屯鎮公所補助計畫至95年為止，鎮公所不該將自身疏失造成的財務危機歸咎於環保署。
環保署指出，南投縣焚化廠興建計畫取消後，環保署已積極協助南投縣政府將垃圾轉運至鄰近縣市焚化廠處理，同時亦補助所增加的垃圾外運運輸費，但垃圾處理費用部分因已隨水費徵收，自應由地方政府自行支應；據悉草屯鎮公所因小型焚化爐處理費高達每公噸2,835元，但外運至外縣市處理，每噸僅需1000元進場費，又有環保署補助外運費用，而曾經邀集廠商開會討論降低處理費事宜，但廠商並不同意降低，才會繼續外運，絕非鎮公所所言，環保署僅願意補助外運處理費而不補助小型焚化爐處理費，如果草屯鎮公所決定繼續進入小型焚化爐處理垃圾，環保署並不反對。
至於草屯鎮公所對環保署提起訴訟，環保署強調，尊重鎮公所有提起訴訟的權利。