納莉颱風侵臺，北部地區各地發生多處嚴重淹水災情，行政院環保署呼籲淹水地區民眾在颱風過後，不要忽略清洗淹過水的蓄水池，以確保飲用水的安全衛生。許多淹水地區因為淹水造成污水流入地下蓄水池或大樓地下室蓄水槽使水池水質污染，為確保飲用水的衛生安全，環保署特別提醒民眾災後復原時要先抽乾或放乾水池、水塔，洗刷潔淨後，並經漂白水適當消毒，才可以蓄水使用；亦可委請蓄水池︵塔︶清洗業者清洗消毒。另外因自來水之水源原水濁度增高會使部分地區自來水水質不穩定。環保署建議民眾煮沸再飲用。另自來水事業單位在災後的淨水操作會增加加氯量，可能使自來水中消毒水味比平時加重，環保署也建議民眾將自來水燒開煮沸後，以打開鍋蓋再煮沸三至五分鐘方式，降低消毒味及加藥後的消毒副產物質。
颱風期間自來水事業單位都已採取應變措施，除加強搶修恢復正常供水外，亦將加強淨水處理效率及消毒作業，確保水質安全，維持正常供水，並自行進行水質檢驗；而環保單位並已加強災後飲用水水質抽驗工作，掌握水質狀況，並將適時發布水質抽驗結果。環保署最後表示，民眾如有任何飲用水問題歡迎電話直接洽詢當地自來水公司各管理處或者是電洽各縣市環保局。