95年淡水河流域嚴重污染比例由86年12.8﹪已大幅改善至8.5﹪，環保署說，未來4年，中央各部會（內政部營建署、水利署等）及台北縣、市政府要聯手朝向將嚴重污染河段比例由8.5﹪降至4﹪以下的目標努力邁進。
環保署表示，淡水河流域新店溪華中橋至江子翠、大漢溪浮洲橋至江子翠，淡水河本流由江子翠至重陽橋約有32公里仍在嚴重污染範圍，也有民眾反應在該河段高灘地旁邊騎腳踏車或運動偶有臭味。然而，淡水河流域高灘地的美化、沿岸垃圾的移除以及基隆河由嚴重污染改善一級不再惡臭等已在過去淡水河污染整治工作上有明顯的成效，但為在這人口最密集區域創造優質的水域環境及生活品質，未來4年即以河川水質的改善為整治重點。
鑑此，環保署日前召開「淡水河系污染整治計畫推動小組」委員會議，邀集內政部營建署、經濟部水利署、台北市政府及台北縣政府等共同擬定「淡水河系污染整治後續實施方案第2期近程四年計畫」（草案），在100年以前，台北縣市政府加速污水下水道系統家戶的接管至少每年增加4萬9000戶為首要工作項目，特別是該嚴重污染河段的台北市中正區、萬華區、景美區及台北縣的板橋、中和、永和、新莊等；修復新莊抽水站並啟動新店溪的6座截流站、湳子溝截流；復考量河川基流量或污水下水道系統接管較慢地區，在高灘地以現地處理（如人工溼地、礫間曝氣氧化）方式再淨化排入淡水河流域主流的市鎮排水，目前預定在秀朗、江翠、成都、忠孝及大漢溪沿岸設置，以削減排入河川的污染量。
環保署表示，擬定的措施如期推動，約可削減 46,000 kg/日的污染量，所需經費將由各級機關預算內支應。