為確保民眾飲水安全，環保署環境檢驗所與經濟部水利署北區水資源局合作，開發微囊藻異常增生預警系統，替石門水庫掛上警訊鈴噹，加強水庫管理警戒。
環保署長沈世宏於7日搭乘北水局石門1號太陽能電動公艇，驅船前往石門水庫水質監測站，測試藻類預警系統運作情形，實際了解萬一發生藻類異常增時，管理單位如何在短時間內完成緊急應變措施，現場還親自檢測石門水庫水樣，充分顯現政府層層把關，鄉親用水安啦。
石門水庫有2座水質監測平台分別架設在大壩與龍珠灣，一天24小時隨時監控藻類生長變化，如果發現藻類異常增生，即加強檢測確定藻種，並通知下游自來水公司第二區管理處，採取飲用水水樣檢驗，確保民眾用水安全。
民國96年石門水庫曾發生微囊藻異常增生的情事，讓民眾對飲用水產生疑慮。據了解微囊藻是一種淡水常見藻類，過度滋生時會釋放出體內微囊藻毒素，大量食入可能會造成身體不適或影響肝臟功能。這種藻會因為水庫累積過多營養鹽注入而造成異常增生，國外有越來越多微囊藻大量滋生事件，如澳洲98年微囊藻蔓延1,100公里，中國大陸雲南滇池去年就撈除掉4千多噸的藍藻，密切監控藻類生長成為水庫重要工作之一。